据穆兄会内部人士透露，塞西与穆尔西从2011年开始打交道，两人的关系随着穆尔西出任穆兄会旗下自由与正义党主席而“升温”，例如穆尔西曾亲自拜访塞西在军事情报机构的办公室。
但不少分析人士也认为，作为军队高级将领，塞西接受过多次背景调查，他不可能与长期处于半公开、半非法地位的穆兄会有过多交情，否则他也不会在军队里顺利升迁到这样的高位。
熟知内情的开罗大学教授穆塔兹·阿卜杜勒·法塔赫曾在社交媒体上替塞西澄清：“他不是穆兄会成员，他只是一名宗教信仰虔诚的人。”
今年6月30日，即穆尔西上台一周年之际，埃及爆发全国性抗议示威。随着冲突的不断扩大，塞西的角色更加关键。
他也选择了适时发言。7月1日，军方突然表态，限冲突双方48小时内解决危机。
军方命令总统解决危机？言辞的背后，无疑是军方对穆尔西的强烈不满，也显示了军方重返政治较量场的意图。
7月3日晚，即48小时通牒到期时，全世界都把疑问的目光投向埃及国防部长塞西，等待他给出答案。
塞西也当仁不让，在电视直播新闻发布会上，他宣布由最高宪法法院院长暂行总统职权，同时公布了一份把总统穆尔西排除在外的政治路线图。
许多人愣了一秒钟，然后猛地意识到：塞西这番话实际上推翻了穆尔西领导的政府！
漫画家克雷格·斯蒂芬斯随即创作了一幅漫画，暗讽这出“无间道”式的逆转。画面中，塞西以持枪姿势高举一把大扫帚，摆出一副要把穆尔西“扫地出门”的架势。
