日美双方争议的最大焦点是，美国答应出售给日本的F35战机没有安装近距离空战所需要的短程导弹控制系统。日本政府担心，缺乏该系统的F35战机将无法在近距离海上空战中对抗中国空军战机。
为了装备这一套名为“阻止3F”的系统，美国方面提出需要对原有系统进行改良和升级，而这一笔巨额的改良和升级费用要由日本承担。但是日本认为这一要求不合理。
日本《产经新闻》的报道说，日本政府已经要求美国方面说明要求日本承担费用的理由，但是美国方面一直没有回答。如果这一购机方案滞后，在中国研发成功新型战机的背景下，日本在防空领域将会出现“漏洞”。
目前，日本政府在2012年度的防卫预算中将每架F35战机的价格定为102亿日元(约合6.6亿元人民币)，第一批购买4架，2013年再以每架150亿日元(约合9.7亿元人民币)的价格购买2架。但是，美国政府在2014年度的国防预算案中将价格提升到每一架1.9亿美元(约合11.7亿元人民币)。这意味着，日本购机的预算也不得不提高，对此日本政府感到无法承受。
