全案经上诉，“最高法院”撤销无罪判决，发回更审；高等法院更一审认定，郭瑶琪收贿后，2度在部务会报指示台铁，为南仁湖集团投标台北车站商场经营权案重开说明会，两者间有对价关系，撤销无罪判决，逆转改判她8年徒刑。郭瑶琪不服更一审有罪判决提上诉，“最高法院”审理后，以“事实尚未厘清”为由，再次将案件发回高等法院更审，更二审仍认定郭瑶琪有罪，予以重判。
案经上诉后，“最高法院”认为郭瑶琪辩称收受美金2万元，与自己任交通部门负责人的职务上行为及影响力没有关联、无对价性，显与一般认知、事理及常情有违，5日驳回上诉，郭判处8年徒刑，褫夺公权4年，追缴不法所得美金2万元确定。
郭瑶琪的律师顾立雄5日得知判刑确定后转述郭瑶琪的说法，强调郭瑶琪对判决无法接受，心情也非常沮丧；她将采取一切可能的方法，包括声请再审或非常上诉，为自己平反。
