在台湾，孔德成继续享受世袭特任官的待遇，月薪17~18万新台币（约3~4万人民币）。他的唯一工作，便是每年在9月28日孔子诞辰纪念日，负责参加台北孔庙的祭典。孔子的“小伙伴们”、四位“亚圣”孟子、颜回、子思和曾子的后人，也获任台湾官场“简任级”职等的最高等（简任级官员是北洋政府时期第一二级官员），月薪资在12~13万新台币（约2.5~3万人民币）。
除了功名利禄，孔子后人也受到了不少“人情照顾”。1965年，孔德成长子孔维益考大学落榜，为了顾及孔子后代颜面，孔德成特意找蒋介石帮忙，请求以免试保送升学的方式让孔维益进入大学。最后，孔维益进入了台湾政治大学中文系，在政治大学读了六年才毕业。时隔一年，孔德成次子孔维宁也未考取大学，孔德成再次向蒋介石求情，又将次子保送进了台湾大学考古人类学系。
对孔家的特殊待遇引起了不少争议，李敖、柏杨等人对孔家一直持抨击态度。至李登辉时代，1998年，孔德成的办公室“大成至圣先师奉祀官府”被裁撤，孔德成只剩官衔。
同一年，孔德成的堂弟孔德墉在香港注册成立了《孔子世家谱》续修工作协会，正式主持历史上第五次孔氏家谱大修。重修历时11年，部分在台湾政府任职的孔子后代，由于担心被贴上标签，婉拒列入族谱。最终统计的结果，目前在台湾地区大概还有3000多位孔子后人。
编者注：1935年，国民政府废清朝世爵，改衍圣公为大成至圣先师奉祀官，仍世袭，“衍圣公”封号从此宣告结束。末代衍圣公、时任大成至圣先师奉祀官孔德成先生是最后一位拥有“衍圣公”封号的人。从2009年起，台湾决定继续保留大成至圣先师奉祀官称号，并世袭。孔子第79代嫡孙孔垂长是第二任大成至圣先师奉祀官。
