针对近来高中教科书的课程纲即将修改一事，谢长廷指出，在历史科主题说明中，其中一点被改为“政府迁台后，‘我国’主权范围仍及于全中国，惟治权不及于大陆地区”。谢长廷说，这是马英九的说法，写在教科书其实很不适当。
他表示，因为现在没有人认为“中华民国”的主权及于大陆，或“中华民国”可以代表中国，而且这是国民党的主张，若当作是教材使用来教育下一代，下一代的思想不但会错乱也会和世界脱节。谢长廷认为，正确的说法应该是，“政府迫迁来台，政府仍然主张主权及于大陆，各政党有争议，但是统治权不及于大陆。”
针对“中华民国宪法”揭示的主权及于大陆，谢长廷表示，“中华民国”现在和中华人民共和国是依“宪法”有特殊关系，包含名称、历史和一些条文并未废除，虽然“宪法”这样写，但是这不代表主权及于大陆。他说，“宪法”现在这样写，尚未修改，但这些在未来会因为国际关系的情势还需要谈判，但不表示主权还是及于大陆，如果是这样以后要怎么教育下一代？
谢长廷表示，他主张“宪法各表”，两岸两部“宪法”，但互不隶属，依“宪法”有特殊关系。教科书应依照现实描述，不须加上政党成见，不然这样很折磨未来的孩子。
