这个案子出现了“意外”，这对“父子”20个位点有1个对不上。出现这种情况时，先不需要测定CPI，而是需要加测位点。
从医学上解释，出现这种情况有两个可能性——
一，他们是亲生父子，但是遗传过程中基因发生了突变。
二，孩子的父亲是男人的近亲属，比如亲兄弟，甚至比如父亲，遗传基因有细小差别。
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亲子鉴定要形成一个结论，通常需要两个参数，一是累积亲权指数CPI，它是判断亲子关系所需的两个条件概率的似然比，即具有AF（被控父亲）遗传表型的男子是孩子生物学父亲的概率与随机男子是孩子生物学父亲的概率的比值。我们可以通俗地理解为在遗传基因上，这两个鉴定的父子之间的相像程度。
一般这个指数要大于1万，而另一个参数也就是20个位点要全部对上，才能得出“亲生”的结论。
第二轮鉴定：加测母亲的DNA，找出突变的基因来自母亲还是父亲
尽管出于种种对于婚姻感情关系的不信任，现在做亲子鉴定的越来越多，但是从鉴定结论来看，大多数还是确认为亲子关系的——这给那些无稽的猜疑一记响亮的耳光。
我们前面说过，汉博鉴定中心亲子鉴定的法医和助理们都是沉静的姑娘，她们不会做过多的猜测和建议。
她们对老太太说，孩子肯定是“你们家”的孩子——言下之意，不必再继续做下去了。
老太太沉默良久，开口：“我要一个肯定的结论，孩子是谁的。”
我们可以从逻辑学的原理来看待接下去的鉴定，也是走到这一步最善意的一种方式。
如果是遗传过程中基因发生了滑移，男孩的性别基因为XY，那么我们是不是可以找一下，到底是来自妈妈这边的遗传基因发生了突变，还是爸爸这一边的突变了。
老太太一口应允：“是不是要提供孩子母亲的血液样本？没问题。”
半个月之后，老太太带来了儿媳妇，抽血取样。
妈妈的血样和男孩的血样继续进行DNA比对，这一回比对的主要是男孩发生突变的基因是遗传自母亲，还是父亲这一边。