目前在新疆，宗教极端主义、保守主义、原教旨主义、瓦哈比派等概念在认识和使用上存在混乱的现象，必须要界定清楚，否则容易造成社会治理扩大化。
原教旨主义原是用来形容相信《圣经》中传统基督教信仰运动的。以后，凡是激烈地反对现代化、世俗化的宗教运动，不管出现在西方还是东方都被人们冠名为“原教旨主义”，从而与其他的政治复辟运动相区别。伊斯兰原教旨主义运动最初产生于18世纪中后期，随着奥斯曼帝国的衰落及宗教危机的加重，同时在阿拉伯世界开始了旨在净化伊斯兰教的瓦哈比运动，进而形成新的教法学派“瓦哈比派”。这个学派号召穆斯林严格按照《古兰经》和《圣训》，抛弃宗教陋习，复归到《古兰经》中的黄金时代。瓦哈比学派受到沙特酋长的赏识，进而把伊斯兰原教旨主义的思想运动发展成了一场社会政治运动，为以后沙特王国的建立奠定了基础。以瓦哈比派为国教的沙特王国的建立可以认为是传统的伊斯兰原教旨主义运动的顶峰。
这里我们看到，保守主义和原教旨主义意思基本一样，而瓦哈比派是原教旨主义的一部分，而宗教极端主义与它们有明显区别。极端主义是一种带有政治目的的社会活动，极端主义的价值观是扭曲的，而且极端主义的思想从根本上说是背离伊斯兰教中的基本原则的。因此，极端主义与原教旨保守主义、瓦哈比派有根本的区别，这个区别就是是否有政治活动。在新疆发生的暴力恐怖活动，毫无疑问是极端主义。而单纯的蒙面、婚丧习俗的改变、礼拜次数等都不能当做是极端主义。极端主义虽然打着伊斯兰的旗号，但它并不是宗教，而是一个反动的政治活动，这一点必须要定义清楚。一个例证是：沙特阿拉伯内政部今年3月7日发布声明，将埃及穆斯林兄弟会等组织列入恐怖组织名单，并要求在国外进行所谓圣战的沙特人在15日内回国自首，这表明国家利益远远大于同一宗教利益。可以看得出,奉行瓦哈比派的沙特也认为自己受到极端主义的威胁。
新疆近年来，保守主义思想逐渐渗透、传播，其原因有：
近年来，世界伊斯兰教的发展形势是日益趋向保守，尤其是一批原先奉行现代主义观念，走世俗化社会发展道路的穆斯林国家，纷纷在社会发展方面选择日益明显的伊斯兰原教旨主义化的倾向，但不同国家鼓吹原教旨主义的势力却并不一样。
土耳其是伊斯兰世界中最为典型的选择走世俗化发展道路的国家，但是自埃尔多安领导的正义与发展党上台以来，土耳其废除了宪法中军队是国家世俗化的保卫者的规定，废除了禁止女学生佩戴具有宗教色彩头巾上学的法律。土耳其看起来在从世俗化向后转。
阿富汗在塔利班执政时期，完全是原教旨主义立国，即使现在，塔利班已经被逐出政治舞台，但是原教旨主义对阿富汗社会的影响仍然很大。不过阿富汗塔利班的原教旨主义思想是来自巴基斯坦。巴基斯坦虽然走的是伊斯兰现代主义的世俗化道路，但整个社会的治理结构并不完全由政府决定，巴基斯坦塔利班是原教旨主义的信奉者，与巴政府长期处于对立状态。盘踞于巴基斯坦境内与阿富汗接壤的部落地区，遵从逊尼派激进主义的德奥班德教派的教义。