水专项的主要落实单位为国家住房和城乡建设部、环境保护部，环保部吴晓青副部长、住建部仇保兴副部长为水专项行政第一责任人。
实施启动会议上，水专项领导小组副组长、水专项管理办公室主任、住建部副部长仇保兴提出，水专项实施过程中要开展过程监督和绩效考核，实行更加精细的科学管理。
他说，水专项“涉及27个省、市(直辖市)和自治区，上百个县市地方政府，数百家科研院校和企业，近百万科研人员。水专项只有通过建立监督审核制度和奖惩制度，在实施过程中建立分层实施、全过程监督的评估监督体系，充分发挥牵头组织部门和各级地方政府的行政职能，切实发挥独立专家咨询委员会的指导作用，积极引入第三方评估机构发挥其在水质监测、污染物减排、经费使用等方面的监督作用，才能真正取得创新性科研成果和治污实效”。
这说明，水专项的监管问题，一开始就受到了重视。然而，实施过程中，问题却不可避免地发生了。
2012年2月28日，国家水专项管理办公室组织召开“水专项2011年审计情况通报暨2012年重点工作部署会”，国家审计署刘占波处长通报了水专项2011年审计调查情况，他指出，水专项总体执行情况是好的，但还存在组织管理层级多，部分课题交叉重复，部分课题单位存在违规使用专项资金等问题。刘占波强调，各单位要强化预算和法律两个意识，划清违规和经济犯罪两个界限。
陈英旭案发后，2012年12月13日，水专项2012年监督评估反馈交流会在京召开。水专项第一行政责任人、环境保护部副部长吴晓青强调，要落实好单位法人负责制，加强对科研人员的教育培训，树立预算意识，规范财务制度，进一步规范专项资金的使用。
2013年3月25日、26日，国家水专项办专职副主任王明良赴浙江省就水专项课题实施情况开展专题调研。在浙江大学召开的苕溪课题工作推进座谈会上，他当着浙江大学校领导的面，要求浙江大学以史为鉴，继续做好审计整改工作，组建强有力的团队，积极为苕溪流域水污染控制与治理作出贡献。
据知情人士透露，国家重大专项的钱是“很难花的”，因为审计很严格。曾是水专项项目组负责人的中科院生态环境研究中心研究院田秉辉也在接受媒体采访时称，“一年中，国家、省层次和各部委的抽查审计非常之多”。在中科院，类似的国家专项资金，管理异常严格，每一笔支出都在网上公布，500元以上的报账需部门领导和院里领导签字，最后还要备案。
中国青年报记者与“水体污染控制与治理重大科技专项管理办公室”取得联系，获知苕溪课题由“项目二组”负责管理。记者随后拨通了“项目二组”的办公电话，工作人员告诉记者，目前没有什么可以对外说的，到时候将统一对外回应。
