转基因食品的安全性争议，是英国的阿伯丁罗特研究所的普庇泰教授首先提出。1998年，他在研究中发现，幼鼠食用转基因土豆后，会使内脏和免疫系统受损。这引起了科学界的极大关注。1999年，英国的权威科学杂誌《自然》刊登了美国康乃尔大学教授约翰．罗西的一篇论文，指出蝴蝶幼虫等田间益虫吃了撒有某种转基因玉米花粉的菜叶后会发育不良，造成高死亡率。
一时间，转基因食品的安全性问题变得扑朔迷离。但到了2002年10月中旬，世界卫生组织公布了有关转基因食品20个问题的调查报告，系统而全面地阐述了转基因食品的现状与未来发展趋势。该报告旨在消除人们对转基因食品的疑虑，使现代生物技术能造福人类。
报告对转基因食品无害性的评估主要有以下几方面：是否有毒性、引起过敏反应、营养或毒性蛋白质的特性、注入基因的稳定性、基因改变引起的营养效果及其他不必要的功能等。对人类健康而言，专家认为，主要应审查转基因食品有无毒性及对环境的影响。
国际市场上的转基因食品都按照上述要求经过了严格审查，证明它们对人类健康无副作用。专家认为，由于转基因作物能更好地防治病虫害，抵御乾旱，提高产量，营养成分高，因此发展前景十分广阔。但发展转基因食品必须有严格监督、科学检验、国际立法，以避免它对人类健康和环境造成损害。
2013年8月，中国农业部网站发布消息，国家转基因生物安全委员会委员林敏表示，凡是通过安全评价上市的转基因食品与传统食品一样安全。转基因食品入市前都要通过严格的毒性、致敏性、致畸等安全评价和审批程式，目前还没有其他食品经过了这样严格的安全评价。
