《故国人民有所思》所依据的史料，基本是当年组织系统的内部文件和情况汇报，其中披露了运动策划者与组织者的动机和谋略。北京市委布置“烧教授”的计划，提出要对他们“猛火攻、慢火炖”，“打破情面、打下架子、打下尾巴”。知识分子是否愿意接受改造，检讨得是否深刻彻底，不仅与政治划线有关，还涉及切身利益。职称评定以政治立场挂帅，文件明确规定：“政治态度划为中右的，或虽划为中中，但表现一般或倾向落后的教师，一般地不考虑提升职务。”而那些政治上不可靠、对新政权有疏离感的教授，索性借院系调整之际，将他们调离京城，到偏远省份任教。
当然，有大棒子，也有胡萝卜。1952年前后，国家将知识分子纳入国家的干部编制，全部包养下来，让其没有衣食之忧，甚至让少数高级知识分子享受超等待遇。京津地区一级教授的工资三百四十五元，而当时小助教收入，最低的五十六元。谁是一级、二级教授，谁是三级、四级教授，除学术水准之外，政治态度是更重要的考量。首届中央研究院院士冯友兰第一次教授评级，只评到四级，后来拼命检讨，努力表现，才转为一级教授。
马寅初先生是思想改造的始作俑者，他的原初想法不过是一场学习运动，让教师们聚在一起，领会马列主义而已。但一旦被组织接过去，便变为人人检讨、相互揭发的“洗澡”运动。戕害中国半个世纪之久的检讨文化、大批判文化从此在读书人当中扎根发酵，危害无穷。二十年前北京有一部电视连续剧，其中有一段情节，街道大妈嘲笑当老师的邻居：“知识分子？不会写检讨的还叫知识分子？”1949年之后中国知识分子的大部分精力不是用于研究学问，而是不断地写检讨，想办法如何在运动中过关。最近，一百二十万字的《李慎之的检讨书》正式出版，捧在手里两大厚本，读者的心情却比书还沉重：在那些风雨如晦的岁月之中，中国的知识分子究竟在干些什么？假如没有接踵而至的各种政治运动，诺贝尔奖大概早就成为囊中之物了。
真正的读书人对权力与金钱的兴趣不浓，他们最在乎的是面子，面子与人格尊严有关，这是读书人最得以自重之处。最近南京大学的校园话剧《蒋公的面子》在全国大红大紫，解玺璋先生的评论很精彩：蒋介石未必在意自己的面子，更不在乎文人是否给自己面子，“倒是真拿自己面子当回事的，几个文人而已”。然而，思想改造运动首先要扫荡的，就是文化人的面子。让那些平时令人尊重的大教授“洗小盆”（教研室里检讨）、“洗中盆”（全系师生面前检讨）、“洗大盆”（在大礼堂里全校检讨），在众多学生、同事面前，公开交代自己的反动历史、丑陋思想，用最不堪的语言数落自己、作践自己。对于爱面子的读书人来说，真可谓生不如死。难怪几次全校检讨都没有通过的冯友兰、金岳霖私下见面，两人抱头痛哭。
自我作践还不算难事，只要痛下决心，脸皮厚就行。最难的，还要揭发批判别人，不仅揭发批判，而且还要比谁的调子高、语言毒、态度狠。读思想改造运动的史料，最让我感慨的，还不是组织上的严厉，而是知识分子同道间的自相攻击。梁漱溟在大会上要求给一个自我辩白的机会，台上的毛泽东默许了，却被底下的民主党派同仁一片怒吼轰下了台。同事之间、师生之间、朋友之间，乃至夫妻之间、父子之间的揭发，连客厅里、饭桌边、床笫上的私密话都被抛出来了。儒家传统的私德伦理被神圣的革命道义论抹杀，从此，知识分子之间，除了革命公义之外，再无私情可言。人是不大容易被陌生人伤害的，而最容易伤害你的，正是你最在乎、有私人情感的朋友和亲人。然而，在强大的“利维坦”面前，人人自危，个个欲苟全性命。人性其实差别不大，一半是天使，一半是魔鬼。好的制度环境可以激发人性之善，而反之却让天使变成魔鬼。所谓的政治运动，实际是知识分子自己整自己的运动，或者借刀杀人，或者卖友保身，先将仇敌抛出去，随之将朋友推入火坑，最后轮到了自己。
在《故国人民有所思》一书中，触目皆是这类例子。大学共同体本来是一个以学术权威为中心的礼治共同体，然而运动颠覆了原本的共同体秩序，不断鼓励学生向老师挑战，青年教师向老一辈学者发难。冯友兰的发言被年轻人一再打断，还被指着鼻子警告：“我提醒你注意”如何如何。北大化学系傅鹰教授身为副校长，但在系里得不到尊重，化学系总支屡屡向傅鹰挑衅，试图在人事、学术、教学上由总支独揽大权。傅鹰伤心地说：“青年老年之间这几年伤了感情，过去我们对学生真是用心，现在感情大不如以前，年轻人对老教师也毫无感情，双方如此，自然不易搞好。”
在意志上被迫接受思想改造，并不意味着知识分子在理性上没有自觉的成分。之所以如此，乃有其复杂的思想脉络和历史语境。中国知识分子对新政权的认同，有三个不同的层面，第一是政治上接受新政权；第二是思想上接受新的国家意识形态；第三是学术上接受马列主义方法指导。在第一个政治层面，可以说大部分留在大陆的知识分子都对新政权有所期待。原因无他，乃是他们太痛恨腐败的国民党，共产党初入城时所带来的新气象，让许多知识分子都欣喜不已，对新政权有好感，产生了政治上的认同。《故国人民有所思》中有一篇谈的是著名史学大师陈垣。北平和平解放前夕，南京政府三次派专机接他南下，这位辅仁大学校长就是不走，他说：“我是抱着怀疑的心理要看一看，到底什么原因共产党能打败国民党的几百万军队？这一定有个道理。”如同陈垣一样，不少有理性自觉的知识分子对新政权背后的意识形态充满好奇之心。北平刚刚和平解放不久，清华的一些教授自动组织起来，学习自己所陌生的马列主义。陈垣在1949年之后的积极态度，包括批判学术上的老友胡适，连胡适在美国都感到诧异，认为是被逼的。其实，未必没有自觉的成分。到1958年，陈垣老先生以七十八岁的高龄申请入党，引起知识界轰动，成为思想改造成功的标杆性人物。他有一句经常被统战部门的工作报告引用的名言：“过去几十年自己太无知了，恨自己接触党太晚了。”
在思想层面，虽然大部分知识分子都是广义上的自由主义者，但近代中国的自由主义不是洛克、哈耶克那一路的古典自由主义，而是结合了社会主义理念的新自由主义或社会民主主义。在意识形态层面，他们不论在理想境界还是现实问题上，对新民主主义、社会主义乃至共产主义理想并非完全疏离，相反倒具有某种亲和性。许多知识分子愿意慢慢接触和了解新国家意识形态，虽然在学术层面他们还想保持自己的独立和自由。
不过，群众性运动疾风骤雨，如何等得了知识分子的自觉转变？一万年太久，只争朝夕。顾颉刚抱怨说：“本年三反、五反、思想改造三种运动，刚无不参与，而皆未真有所会悟。所以然者，每一运动皆过于紧张迫促，无从容思考之余地。刚以前作《〈古史辨〉自序》，是任北大助教六年，慢慢读、慢慢想而得到的。因为有些内容，所以发生了二十余年的影响。今马列主义之精深博大，超过我《古史辨》工作何限，而工作同志要人一下就搞通，以刚之愚，实不知其可。”
