国台办副主任孙亚夫在20日上午的开幕式上致词时特别强调两岸政治关系的重要性。他说，无论是着眼当前，还是面向未来，探讨国家尚未统一特殊情况下的两岸政治关系并作出合情合理安排，都是一个重要的乃至牵动时局的命题。探讨两岸政治关系，首先要务实，就是要实事求是，任何脱离现实的主张都是主观想像，是探讨不出结果的；其次要共同努力，找到打开破解两岸政治分歧问题瓶颈的办法；第三要落到实处，即作出合情合理安排，全面改善发展两岸关系。孙亚夫副主任的讲话，不但明确阐述了大陆方面对协商解决两岸政治问题的基本态度和看法，而且指出了两岸协商解决政治问题的方式和途径，同时也为本次会议提供了重要政策参考。
此外，中国社会科学院台湾研究所所长余克礼、台湾政治大学前校长暨两岸统合协会顾问张京育、廿一世纪基金会董事长高育仁、台湾两岸统合协会理事长暨台大政治学系教授张亚中、中华文化发展促进会副会长辛旗、民进党前主席暨美丽岛电子报董事长许信良、中国评论通讯社社长郭伟峰等从不同角度切入，就两岸认同互信与政治关系问题进行了精彩发言。
在会议各项讨论中，两岸学者都十分珍惜本次会谈的机会，认真严谨地进行学术切磋，对两岸政治议题的交流与沟通达到了更高的广度和深度。不但对两岸认同与互信问题进行了更为深入的探讨，同时对两岸政治安排进行了一系列重要论述、交流，提供了十分宝贵的学术研究成果，也为两岸官方提供了极其重要的学术参考。另外，红蓝绿学者真诚互动，充分交流，沟通彼此，消除隔阂，增进共识。与会专家学者角度各异，见解精辟，妙语连珠，精彩不断。本次会谈不仅成为两岸学术盛会，更成为两岸情感交流盛会。
“北京会谈”为两岸关系和平发展注入了新的活力，成为两岸关系在“深水区”乘风破浪，克难前行的重要动力来源。两岸学界重新聚首，共同出发，一定会为两岸关系和平发展带来更为光明的前景！
