美媒称，在这场进行了两年多的内战中，很大一部分叙利亚反对派已经组成一个松散的组织体系。这一系统得到了数个阿拉伯国家的支持，并在一定程度上获得了西方的支持。反对派的另外一些组成部分已呈现出极端分子特征，并公开与基地组织结盟。
在叙利亚的大部分地区，都有西方国家支持的反对派武装生存并战斗，但政府触角之外的地方已演化出游击队和罪犯横行的复杂局面。这增加了一种可能性，即美国的军事行动或许会无意间加强伊斯兰极端分子和罪犯的力量。
9月4日，华盛顿，在与德克萨斯州共和党众议员迈克尔·麦考尔交换意见时，国务卿约翰·克里谈到了反对派武装激进分子的问题。“反对派战士”总共有7万到10万人。克里说，在这些人中，有15%到20%是“坏人”或极端分子。麦考尔则对此回应说，他在简报中得知有一半反对派战士是极端分子。
美媒称，美国官员的大部分担忧都集中在两个承认与基地组织有联系的组织上。这两个组织是努斯拉阵线和伊拉克与叙利亚伊斯兰国度，它们已经吸引到国外的圣战分子，采取恐怖主义战术，并誓言要在叙利亚建立一个由它们解释的严格伊斯兰法律统治的社会。它们牢固地控制了阿勒颇和伊德利卜省的部分地区，以及北部的省会城市拉卡，还有毗邻伊拉克的东部城市戴尔泽尔。
一些分析人士和外交官指出，圣战分子可能会显得不那么专注于推翻巴沙尔·阿萨德总统；他们会关注于在某一个地区建立影响力，从伊拉克的安巴尔省一直到叙利亚的东部沙漠地区，最终在他们的统治下建立一个伊斯兰国家。其他地区则处在更为世俗化的武装分子控制之下，包括大马士革市郊。例如在化学武器袭击发生地、首都东部的东古塔地区，据在那里生活工作的民众称，圣战分子在那里没有优势。
美媒最后称，尽管美国声称将力图采取巩固世俗反对派并孤立极端分子的政策，但当地的形势并非世俗派和宗教团体的简单对立，这种复杂性从伊德利卜的处决视频等被大量记录下来的罪行中可以看到。
