2008年9月12日，国家质检总局派出的调查组确认“受三聚氰胺污染的婴幼儿配方奶粉能够导致婴幼儿泌尿系统结石”。同日，石家庄市政府宣布称三鹿集团生产的婴幼儿“问题奶粉”，系不法分子在原奶收购过程中为达标而添加三聚氰胺所致。原卫生部的数据显示，全国共有29.6万婴儿被查出患有肾结石，11名死亡的婴儿中不排除有6名与食用问题奶粉有关。
2009年1月22日，河北省石家庄市中级人民法院一审宣判，三鹿前董事长田文华被判处无期徒刑，三鹿集团高管王玉良、杭志奇、吴聚生分别被判有期徒刑15年、8年及5年。
此外，涉嫌制造、销售含三聚氰胺牛奶的奶农张玉军、高俊杰及耿金平三人被判处死刑，薛建忠无期徒刑，张彦军有期徒刑15年，耿金珠有期徒刑8年，萧玉有期徒刑5年。2009年3月26日，高俊杰二审被改判死刑缓期两年执行。
据财新网统计，2008年三鹿奶粉事件之后，先后有30多名官员被问责，除引咎辞职的原国家质检总局局长李长江外，还有8名部委官员、7名省级官员、9名市级官员受到处分。如原河北省省委常委、石家庄市委书记吴显国被免去石家庄市委书记、常委、委员职务；石家庄市市长、全国和河北省人大代表冀纯堂被免去市长职务、取消全国和河北省人大代表资格等。
被判刑的三鹿高管杭志奇、田文华先后获得减刑。巧合的是，就在媒体报道三鹿三聚氰胺事件主要责任人田文华减刑的当天，新的三聚氰胺的食品安全事故再次被曝光。
据新华社7月31日报道，广东警方在打击食品药品制售假犯罪行动中，侦破一起生产、销售含有三聚氰胺酸奶片的案件，查扣成品酸奶片12.05吨、半成品酸奶片糖13.5吨，这起案件涉及12个省份。