“你们爱说什么说什么”
之后的两年，关于崔永元离职的传闻从未中断，偶尔还会窜上娱乐新闻的显要位置。有记者问起，他也会回一句，“这事没必要没完没了地说。”
实际上，他一直在“没完没了”地坚持。崔永元告诉《中国新闻周刊》，他早在三年前就交了辞职申请，一直未能遂愿。他选择离开的原因简单，“精神压力大，不太适合做节目。”
在同事们眼中，崔永元人缘不错，没有私人矛盾，与世无争。他经常去台长办公室，但反映的从来都是业务问题。“所以辞职完全是个人选择，没有其他因素。”崔永元说。
但台里对待“个人选择”似乎也有差异，比他晚交辞职申请的李咏却比他提前离职。“这对我是个刺激，他比我影响力大，他能走，为什么我不能呢？”崔永元念叨。2013年9月，他在微博中的一句“麻烦以后不要叫我央视名嘴”再次引起波澜。媒体不会放过任何捕风捉影的机会。在媒体众说纷纭的报道之中，央视总编室“不知情”的回复更让事件扑朔迷离。
“当时主要是在走程序，请辞报告先交所在部门，再逐级上交。媒体问总编室时，或许报告还没交上来，所以他们可能真不知道。”崔永元向《中国新闻周刊》回忆。
是年11月，崔永元在参加河南卫视《成语英雄》节目时，称已决定离开央视，将去大学教书。12月18日，他在微博上承认已正式离职，赴中国传媒大学任教。而很多人并不知道，在此之前的十余天时间中，他正实施着一场即将引发公众高度关注和争论的行动——赴美拍摄转基因调查纪录片。
这一切源于2013年9月8日的一条微博。
当时，他看到一则新闻，有人称“要创造条件让国人天天都吃转基因”。他对这样的语言模式很反感。尽管他当时并不知道转基因是什么，但他在微博中写道：你可以选择吃，我可以选择不吃。你可以说你懂“科学”，我有理由有权利质疑你懂的“科学”到底科学不科学。你可以说我白痴，我也可以说你白吃。
他未料到，这将是一场口水“战争”的序幕。崔永元告诉《中国新闻周刊》，难听的话很快布满了评论，这让他觉得“这里面肯定有大事，否则对方怎么这么快就亮剑呢？”
一向“轴”的崔永元正式跟转因基杠上了。
这几乎成了他每天微博上必谈的话题，最终，他决定赴美拍摄纪录片。当他把自费100万人民币拍摄的40小时的素材剪辑为69分钟的纪录片在网上放出后，褒贬声接踵而至，支持者认客观中立理性，反对方称为调查不科学，预设立场。
小崔不干了，“我是学新闻的，什么是预设立场，我拿五万块钱雇人在美国找些反转基因的人随便拍拍不就得了，我可以投机取巧，但那不是我为人做事的风格。”崔永元对《中国新闻周刊》说。
他说，他反对的不是转基因，而是公众缺乏知情权和选择权。“我去美国调查得出的一个结论是，他们可以选择一辈子吃或不吃转基因食品，因为所有食品都是明确标注的，而我们就做不到。”崔永元说。
然而，网上的质疑和谩骂声并未停止。遇到讲理的，他会跟对方理论几句，碰上出口成脏的，他也不含糊，甩出几句粗话。网民对他的应对方式感到错愕，这不再是他们心中那个在央视坏笑着的崔永元。
他并不在乎外界的评价。早在他因为主持《实话实说》走红后的第三天，父母就警告他，爬得越高，摔得越狠。但在他执拗的性格基因中，声誉似乎可以忽略。“之前你们说我是中国最好主持人，什么媒体良心，现在又说是小丑、公知，你们爱说什么说什么，跟我有什么关系呢？我会因为你们改变自己吗？”他这样说。
显然，如果留在央视，他的纪录片是无法播出的，甚至赴美拍摄都难以成行，微博骂战更不会如此激烈。这种束缚对于年过半百的崔永元来说，有些无法忍受。他讨厌繁复的会议，反感台里关于微博的管理规定，“要我们签协议，不让说这不让说那。可我跟人家微博上都掐起来了，我不说怎么办？”他说。所以，离开，或许也是最好的结果。
逃离体制，崔永元能自由很多。他笑言他的快乐生活方式就是“见到浑蛋就想打”。“网上遇到浑蛋，我就跟你练，练到凌晨四点，熬到只剩下我一个人。我就这么活着，无所谓，”崔永元露出胜利者的笑容，但很快又调拨到幽默模式，“一个人的好坏，谁还不知道呢？我不在中央台了，也不是道德楷模，不嫖娼就不错了。”