奖金来源于企业小金库
既然亏损，奖金又从何而来？据巩某称，资源集团的账上没有利润拿出来给大家发奖金，而科学园办公室的账上有钱，奖金是从科学园办公室的账上支出的。
科学园办公室，成立于1995年11月24日，成立之初是为了规划和建设北京大学科学园区，和北大资源集团为两块牌子一套人马。在科学园成立时，北大没有进行任何形式的投资，科学园自身也没有任何经营收入，名下没有任何自己的资产。2000年9月，北京大学与北大资源集团共同出资组建“北京北大科技园有限公司”，科学园由此被取代。
从1996年12月开始，北大资源集团高管，在未向北大校方请示、备案的情况下，将资源集团的收入隐瞒，不入单位大账，直接转至北大科学园。
据巩某讲，科学园办公室账上的钱，主要是北大资源集团收取的房租钱，即校办或院系办的公司租用资源集团的房子或者租房的人不需要正式发票的房租。截至2005年1月，资源集团累计将房租收入6500余万元转移到了科学园账上核算。在发放奖金时，通常是通过“借款”、“往来款”等财务手段将资金转入北大资源集团，再以奖金名义发放给公司高管和员工。
遭内部人员举报而案发
这起涉案金额近2000万元的私分国有资产案的案发，缘于企业内部人举报。
2008年1月，反贪部门对此案进行了初步调查，并发现北大资源集团总裁叶丽宁、董事长巩某、副总裁张某、副总裁黄某、常务副董事长仇某以及财务总监吕某等6人涉嫌私分国有资产。
2009年9月8日，经检方电话通知，董事长巩某等4人到案接受调查，并于2009年9月至2010年2月相继向北京大学退赃。由于案发时，叶丽宁和吕某不在境内，两人已被司法机关网上通缉。
经法院审理后认定，2002年1月至2004年，董事长巩某、副总裁张某、副总裁黄某、常务副董事长仇某，在未向北京大学报告的情况下，将北京北大资源集团经营所得的大量房租收入置于由该集团私设并实际控制的北大科学园办公室账户中，用于向北京大学上缴管理费等支出，并以往来款的名义将其中部分收入转入北京北大资源账户中，先后五次以单位名义将1938万余元作为奖金分发给该集团员工。
一审法院审理后认为，四人已经构成私分国有资产罪，鉴于案件的历史背景及四人主观恶性不深，已全额退赃，确有悔改表现，因此减轻处罚，并宣告缓刑。最终，董事长巩某、副总裁张某、副总裁黄某被判有期徒刑2年，缓刑2年；常务副董事长仇某被判有期徒刑1年半，缓刑2年。
一审宣判后四人上诉，法院二审维持原判。