处理好“瘦身”与“强身”的关系，优化政府组织机构
《决定》指出，“转变政府职能必须深化机构改革。”现在机构编制总量已经很大，叠床架屋，效率低下，结构不合理，机构编制资源没有配置好。一方面，已经弱化的领域没有及时“瘦身”，闲职太多，人浮于事；另一方面，“只瘦身不强身”，需要加强的重点领域和关键环节有的人手不够，该管的管不过来，甚至没人管。对这个问题，各级政府都应引起高度重视，进一步深化机构改革，既要“瘦身”，更要“强身”。
“上面千条线，下面一根针”。现在有些机关上面很大、下面很细，成了鸵鸟。各级地方政府都应狠下决心，该加强的加强，该弱化的弱化，特别要加强基层、加强一线，将上级机关“瘦身”与基层一线“强身”统筹考虑，把编制结构调整好，为基层干部的工作和生活提供切实保障。适应政府管理由事前审批更多地转为事中事后监管的新要求，把市场监管重心下移，加强市县政府的市场监管职能和人员力量，建立横向到边、纵向到底的监管网络，逐步做到疏而不漏、管住管到位。
处理好合理赋权与有效制衡的关系，强化权力运行制约和监督体系
权力配置是否科学、运转是否协调、监督是否有效，是判断一个国家和地区政治文明发展水平的重要标志。现行权力结构，既有职能分散、“九龙治水”的问题，也有权力部门化、部门利益化的倾向；既有程序繁琐、效率不高的问题，也有公开透明程度不够、监督不力的问题。《决定》指出，“必须构建决策科学、执行坚决、监督有力的权力运行体系”“形成科学有效的权力制约和协调机制。”实现这一目标，关键在于通过有效的制度设计，在促进权力运行的规范有序和活力效率之间找到平衡点，既避免权力因过分集中而失去控制，又保障权力正当行使，防止束手束脚、裹足不前。
构建科学有效的权力制约和协调机制，应深入把握权力运行基本规律，以科学的制度设计为支撑，以分权制约为核心，以公开问责为保障，促进决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调。科学配置权力，按照职责、权力、责任相对应的原则，优化上下级之间、同级部门之间、事前事中事后各环节之间的权力配置，该强化的强化，该分解的分解，该限制的限制，该下放的下放，明确权力运行的方式、范围、责任，以制度的形式固定下来，防止揽权、争权、让权、越权等问题发生。规范权力运行程序，坚持科学、民主决策，建立健全重大决策集体讨论、听证咨询、实施效果评估制度，借助网络技术手段，规范运行流程，提升执行刚性。推进政务公开，认真落实《政府信息公开条例》，保障人民群众的知情权、参与权、表达权、监督权。健全行政监督体系和问责制度，自觉接受人大法律监督、政协民主监督和司法机关依法实施的监督，保障和支持审计、监察等部门依法独立行使监督权。加强人民群众和社会舆论监督，重视运用和规范互联网监督，畅通群众监督渠道，建立“权利制约权力”的倒逼机制。