据办案人员介绍，腐败行为主要集中在科技资金的使用分配以及信息工程的立项发包等环节。这些环节普遍存在信息不公开、申报手续不规范等问题。有的项目申报时间过短，有的项目公布的申报手续、申报材料等具体事项不够明确，“企业”无从下手，往往不得不寻求科技管理部门公职人员或中介机构的帮助。
由于科研项目本身的特殊属性，内行与外行信息不对称现象明显。一位科技系统工作人员告诉记者，“以前信息公开不够，只公布成功立项的项目。至于项目通过、不通过的原因，专家的评审意见等，外部完全不知情。”这种隐蔽性为“专业欺骗”提供空间。
——内部监管流于形式，外部监督缺位
南方医科大学一位教授告诉记者：“虽然科技部门也设立项目审批的专家委员会，但是专家意见基本上是走过场，最终起决定作用的还是科技部门。参加过几次评审，再也不想去参加了。”在这些原因之外，业内人士认为，资金拨付后也普遍存在监管缺失的问题，“重立项，轻管理”不仅给了项目承担单位带来较大的利益支配空间，也为行贿受贿提供了条件。
科研经费管理亟须“阳光再造”
业内人士认为，需要通过分权制衡、信息公开等方式实现科技系统“阳光再造”。但在“阳光再造”同时需要防止两个倾向：既不能让政府“有形之手”过渡干预本该由市场主导的科技资源配置，也不能因噎废食，削弱政府在基础研究、社会公益研究等“市场失灵”的领域中的作用。
首先，分权制衡、信息公开。广东省科技厅厅长黄宁生认为，防腐拒变需吸取广东的教训，建立分权制衡、权责统一、科学合理、公开透明的制度流程。
去年下半年以来，广东、广州市科技部门已着手调整，把科研项目的规划、评审、监督等环节拆分到不同的部门负责，建立起权力分置、相互监督的行政审批流程。此外，依靠信息技术手段，实现网上申报、留痕管理，推动项目、资金和行政审批事项的信息公开工作，保障社会的知情权和监督权。
第二，让市场主导资源配置，政府“有形之手”归位。马正勇等人认为，需积极发挥市场配置资源的作用，探索建立主要由市场决定技术创新项目和经费分配、评价成果的机制，凡是市场和企业能做的都交给市场和企业，科技行政管理减少对具体项目、技术和产品的参与和干预。
业内人士还认为，真正让科技扶持资金发挥应有的作用，须转变财政科技资金投入结构，变补助性为“撬动性”，尊重科研特性同时，考核投入产出比例。
“科研系统出现腐败，并不是钱给的太多的问题，而是钱没用好的问题。”马正勇说，“应当逐步减少无偿补助资金比例，增加‘撬动性’资金的比例。引导社会的研发投入，一举多赢，尊重市场的研发方向，产生政府研发投入放大效应。”
此外，业内人士认为，在尊重科研产出不确定性、风险性等特性基础上，可设立倒查机制，考核科技资金支出之后的效率。（“新华视点”记者肖思思 毛一竹）