保守教派的兴起
瓦哈比教派信众规模迅速扩大，主要途径是通过私办经文学校的方式培养信徒“塔里甫”。在发展之初，瓦哈比教派打着宗教改革的旗号，并未表现出强烈的政治意图，而更像是不同教法学派之间的斗争，因而没有引起政府的足够重视。
据中国伊斯兰教协会人士介绍，瓦哈比教派只是伊斯兰教的一种改革运动。此教派认为，现在的伊斯兰教已经发生了变异，只有穆罕默德时代才是公正的（在穆罕默德时代，有一些诸如反对暴力、反对高利贷、反对歧视女孩、主张解放奴隶等主张），因而主张“回到《古兰经》中去”，寻找伊斯兰教义的本来面目。
瓦哈比教派注重个人对经典的领悟而非学者的解释，修学门坎低，容易被大众接受，且来自伊斯兰教的发源地沙特阿拉伯，所以很快便形成气候。进入新疆后，因为提倡简化礼拜程序，扶贫济困并传授科学知识，也得到年轻人和一些知识分子、工商界人士甚至部分党政官员的支持。
但是，由于瓦哈比教派可以“凭经立派”，每个传经者都可以按照自己的理解，衍生出对于经典的不同解释，在表现形态上也显得五花八门。伊朗的、沙特的、阿富汗的、埃及的、土耳其的，有时连信众自己都搞不清楚。
而这一教派在新疆积极推动社会生活领域的伊斯兰化，造成的负面影响也日渐凸显。思想影响下，越来越多的维吾尔族妇女不再穿着艳丽的民族服饰，取而代之的是一袭宽大黑罩袍。南疆某些地区甚至禁止音乐、传统歌舞、绘画、雕塑等社会文化活动，并指责维吾尔族婚丧习俗违反伊斯兰教义等。
尤需注意的是，瓦哈比教派催生出极端主义者，如新疆瓦哈比教派最具盛名的阿不力克木·买合苏木及其培养的“八百弟子”。阿不力克木原本是阿克苏库车县的一个农民，他成立了新疆第一个恐怖组织——东突伊斯兰党。
上世纪50年代，阿不力克木曾因分裂主张被判入狱20年，1977年刑满释放。因为其宗教学术上的修养，出狱后的阿不力克木当选了自治区人大代表、伊斯兰教协会常委、叶城县政协副主席。从1987年开始，他开始创办经文学校。据不完全统计，全疆各地追随他学经的学员约有800余名，号称“八百弟子”。他曾组织学员穿着统一的服装，在库车的新城、老城里进行无声地游行。这些学员后来遍布散落全疆，成为各地从事暴力恐怖活动的骨干分子。
而更多诞生于中东的伊斯兰新教派，也与瓦哈比教派几乎同时进入新疆，其中影响较大的就是“伊扎布特”，“伊扎布特”更常见的称呼是“伊斯兰解放党”。在阿富汗战争之前，该组织宗教色彩浓厚，坚持“非暴力”理念，但在美国攻打阿富汗塔利班政权时，开始转型为极端的原教旨主义组织。目前世界多个国家已宣布“伊扎布特”为恐怖组织。
公开资料显示，“伊扎布特”最初在新疆以办学讲授阿拉伯语的方式进行发展。其组织的骨干人员伊布拉音·乌斯曼，是原新疆工学院建工系90级毕业生，1995年毕业后到土耳其上了两年学，归国后在乌鲁木齐市发展“伊扎布特”组织。该组织规定，凡加入者都要举手宣誓。
保守主义的扩散，已经开始在新疆维吾尔社会世俗化知识分子群体中引发反弹，并成为政府意识形态管控的对象。新疆文联主席阿扎提·苏里坦在《新疆日报》撰文认为，刻意通过这种手段来强化民众的宗教身份意识，目的在于逐步侵蚀甚至灭绝维吾尔传统民族文化。
