他并强调说，中国经济体制改革的总的指导思想是马克思主义的普遍原理与本国的具体实践相结合。
关于改革的基本原则，他认为应当把商品生产问题放在首位。这是因为，发展商品生产在各国的经济体制改革中具有突出的重要地位。社会主义经济建设的实践证明，商品生产在社会主义阶段中的存在和发展不是偶然的，而是社会主义经济制度的本质特征。
他在改革的实践中，不仅注意实践中出现的新事物，注意总结改革的成功经验，而且十分注意改革所遇到的和可能遇到的问题。
关于改革和经营的关系，就是他提出来并反复强调以其引起人们高度重视的问题之一。他指出，改革应当为经营排除障碍、创造条件，因为经济效益只能通过经营来取得。搞好经营不仅对于巩固改革成果十分重要，而且积极从事经营能使人们有更强的改革要求。他的这一思想，为后来实行承包制改革以完善经营机制的改革措施在理论上作了准备。
他还比较早地研究了社会主义初级阶段的经济的理论，著有《社会主义初级阶段的经济的(1988)一书。此书被经济学家评为“影响新中国经济的十本经济学著作”之一。
1995年，于光远又提出了著名的“三个30年”观点。他认为，中国的现代化可分为“三个30年”观第一个30年是从1919年五四运动到1948年新中国成立前夕，这是从思想发动经过三次革命战争取得全国胜利的30年；第二个30年是从1949年全国解放到1978年十一届三中全会召开，这是我们取得政权后在建设社会主义道路上曲折前进的30年，在这30年后期，我们觉悟到要进行经济体制改革，并在邓小平理论的指导下，开始了又一新的伟大革命；从1979年起，中国进入第三个30年，在这个30年末，即2008年，中国经济改革可以基本完成，并建立一个比较完善的社会主义市场经济体制。
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