郭维国等人通过做工作，使尼尔·伍德家属认可了酒后猝死的结论。11月18日，尼尔·伍德尸体未经解剖在当地火化。当晚，王立军将该情况电话告知薄谷开来。张晓军在证言中称：“2011年11月18日晚上，王立军给我打电话让薄谷开来来接，薄谷开来接过后说，王立军来电话说了8个字‘化作青烟，驾鹤西去’。”
王立军在供述中称，他明知该案如果他杀成立，会是重大案件，但为了不得罪薄谷开来，他回避了这个案件。“说句实话，这个案件如果不是牵涉到薄谷开来，我肯定会安排多管齐下，早就把这个案件查清了。”
虽然王立军与薄谷开来关系密切，但并不意味着没有矛盾。证据显示，“11·15案件”案发前，王立军和薄谷开来就因为种种原因产生过矛盾。2011年8月12日，薄谷开来之子薄瓜瓜有事想见王立军，王立军人在重庆市区但不想见他，就让司机说自己在万州，结果薄瓜瓜在夜赴万州的路上差点出了车祸，薄谷开来因此对王立军很生气。
“11·15案件”发生后，薄谷开来担心案情暴露、采取了毁证等一系列行动，王立军对薄谷开来不断折腾、知情面不断扩大产生不满。
2011年12月14日，薄谷开来专门设宴，请参与“11·15案件”办理、替自己掩盖杀人行为的李阳、王鹏飞、王智等人吃饭。王立军在供述中称，“第二天，郭维国带着王智和王鹏飞来到北京，我当着郭维国的面把王智和王鹏飞骂了一顿。我认为应该是我骂他们的话传回了重庆。从去年(2011年)12月14日以后，薄谷开来就跟我变脸了，接触的时候就不一样了，没有以前热情了，开始对我防备。”郭维国、王鹏飞、王智也证实了上述情节。
2011年12月底，王立军身边4名工作人员被非法审查。王立军和薄谷开来的矛盾越来越大。
2012年1月28日，薄熙来听取了王立军关于薄谷开来涉嫌杀人的汇报。次日，他斥责王立军诬陷薄谷开来，打了王立军耳光并摔碎茶杯。
王立军在回忆当时的场景时称，薄熙来对我进行打骂，实际上是用暴力进一步表明自己的态度，不让我继续对“11·15案件”进行调查。
当时也在场的时任重庆市公安局副局长郭维国的证言印证了王立军的说法：薄熙来把我也叫去，还当着我面打骂王立军、摔茶杯，也是在做样子给我看，目的是要震慑我，好让我别再说出薄谷开来有杀人嫌疑这样的话来。说白了，薄熙来就是用他的权力阻止公安机关继续对“11·15案件”进行侦查。郭维国在讯问笔录中称：“打了王立军，这个矛盾就公开化了。”
矛盾激化后，王立军当日即安排李阳等人重新调取证人证言，妥善保管尼尔·伍德心血等关键物证，重新整理薄谷开来涉嫌故意杀害尼尔·伍德的证据材料，并提供了其秘密录音资料。后又将整理的卷宗交由李阳等人转移、保管。
王智在讯问笔录中称：“1月29日，王立军把我和王鹏飞、李阳喊到他办公室，让我们重新整理‘11·15案件’卷宗。我们花了好几天时间制作了卷宗。王立军让我、王鹏飞和李阳分开保管，要放在安全的地方。”他还说：“我知道王立军当时和薄谷开来‘翻脸’了，不然王立军也不会让我们整理这些卷宗，他启动这个案子应该有他个人的目的。”
在打完王立军当天，薄熙来根据薄谷开来的要求，同意由时任重庆市委副秘书长兼办公厅主任吴文康对根据王立军授意以辞职信方式揭发薄谷开来杀人案的“11·15案件”承办人王智、王鹏飞进行调查。
2012年2月1日下午，薄熙来主持召开市委常委会议，免去王立军重庆市公安局党委书记、局长职务。按照薄熙来的要求，市委组织部于次日宣布了该决定。
2月初，王立军身边另外3名工作人员又被非法审查。王立军感到自身处境危险，遂产生叛逃的想法。
2月6日，王立军以洽谈工作为由，借故取消原定公务安排，于当日14时31分私自进入美国驻成都总领事馆。对王立军的起诉书显示，在美领馆内，王立军与美领馆官员就环境保护、教育、科技等事项作了短暂交谈后，即称因查办案件人身安全受到威胁，请求美方提供庇护，并书写了政治避难申请。
得知王立军叛逃后，2月7日凌晨，薄熙来纵容没有国家工作人员身份的薄谷开来参与王立军叛逃事件的研究应对，并同意薄谷开来提出的由医院出具王立军精神疾病诊断证明的意见。当日，薄谷开来和吴文康协调重庆有关医院出具了王立军“存在严重的抑郁状态和抑郁重度发作”的虚假诊断证明。
经重庆市和中央有关部门劝导，王立军于2月7日23时35分自动离开美领馆，愿意接受调查。王立军离开美领馆后，向国家有关部门反映了薄谷开来涉嫌故意杀害尼尔·伍德的问题，提供了所整理的相关证据材料。
2月8日，薄熙来批准对外发布王立军接受“休假式治疗”的虚假消息。公诉人指出，薄熙来的一系列行为，使广大人民群众对国家机关公信力严重质疑，造成了特别恶劣的社会影响。
2013年8月25日的庭审过程中，在就滥用职权罪的犯罪事实进行质证时，薄熙来表示：“现在一直说我免掉王立军局长的职务，这是错误的，我只是调整了王立军的分工，让他负责工商、教育、科技，我绝无贬低他的意思。”
审判长问：被告人薄熙来，你刚才所说的意思是，你对王立军是调整分工，不是免去他公安局局长的职务，是这样的吗？
薄熙来答：我确实是免掉了王立军的公安局局长职务，但这是一个调整分工的过程。
