体制内外反弹
在大规模招商引资的同时，六安的18个国有企业通过改制退出国有序列。在壮士断腕的魄力之外，对于职工的安置也难言妥帖。
一位原造纸厂职工介绍，该厂因亏损严重、污染失治，于2003年破产。员工的安置，被按年龄分成三种情况：男55周岁以上、女45周岁以上者内退，每月发放退休金300余元；男50周岁以上、女40周岁以上者，每月发放100余元，达到内退年龄后发放退休金；在此年龄以下者，全部买断。
“整个破产安置的过程，没看到任何政策文件作为依据，也不知道国家规定的标准是什么。”这位职工说，该厂原来所在的地块约有260亩左右，该地段当时的地价约为40万元/亩，总价上亿元，即便还掉1300万元银行贷款，也足以给1000余名职工以相对合理的安置。与此类似，六安其他的破产或改制国企职工不乏怨声，上访者众。
由于其作风专断，倪发科早在担任市委副书记时，就与时任“一把手”不睦。在升任市委书记后，倪发科仍亲自掌握城建大权。但即便是地委大院的拆迁，也并未做好善后工作，引得一众老干部侧目。
此外，一位退休中学校长回忆，2003年，全省实行工资改革，实行“阳光工资”。在具体操作中，六安市干部意见很大。以处级干部为例，六安的处级干部工资仅1800元，而蚌埠和马鞍山有3000多元，经济状况相当的铜陵与安庆也有2800元，“而且只发放70%，也不说原因，只说其余的以后再给，直到2012年才全部兑现”。
2004年，作家陈桂棣、春桃所著的《中国农民调查》，因内容涉及安徽相关问题，作者及人民文学出版社曾被安徽籍在任官员起诉名誉侵权。
此书还披露倪发科在担任南陵县委副书记时，欺骗朱基总理的旧事，因此一度洛阳纸贵，“干部群众看到后，议论很多。”前述地委离休老干部回忆。出于对倪发科的爱护，他寄了一本给倪，并附了一封信。
“他给我回电话表示了谢意，解释说，有这个事，但不全是书里写的那样，自己的介入没那么深。”这位老干部回忆。
