马万祺2006年11月因为心脏不适，中央派人专程到澳门接他到北京301解放军总医院治疗，2009年澳门回归10周年，前全国政协主席贾庆林专程到医院探望他，马万祺当时精神不错，还与贾庆林倾谈。
马万祺在1993年起，连续四届出任全国政协副主席，进入国家领导人之列。他和澳门前任行政长官何厚铧的父亲何贤，连同现任特首崔世安的叔父崔德祺的家族，被称为澳门三大爱国家族。而早在抗日战争时期，马万祺已经为内地入口物资，其后认识了不少中共高层。到了七、八十年代改革开放初期，马万祺、何贤及霍英东等人都是率先在内地投资的港澳商人，多次获得当时的国家领导人邓小平接见。
马万祺在广东南海出生，在广州长大，未够二十岁便往香港，两年后定居澳门，经营家族的出入口粮食生意，当澳门进入过渡期，他扮演重要角色，先后出任澳门《基本法》起草委员会副主任、澳门特区筹委会副主任、亦是澳门中华总商会会长及澳门大华行投资有限公司董事长，2002年获颁援最高荣誉的大莲花荣誉勋章。