针对台湾院校整并困难，特区政府中央政策组高级研究主任凌友诗，于早前举行的研讨会中表示，曾去信林文通，建议台湾裁撤高校前，可先考虑香港和内地的需要。林文通表示，随着两岸教育往来持续频繁，每年非本地生源增长百分之四。未来将与内地和香港院校合作，开设专升本和副学位衔接课程。

　　林文通称，随着两岸教育合作的日渐频繁，来台攻读的内地生，由08年的一千三百名，增加至去年一万五千名。同时，台湾亦从去年开始直接以文凭试成绩录取本港新制高中毕业生。

　　他透露，未来或将推出学位衔接课程，目前，本港副学士学位和高级文凭课程相当于台湾的二专，即毕业后的学生，程度与大二学生相似，副学士毕业生未来或可进入台湾高校攻读大学三、四年级课程，随后拿到学士学位。他希望今年可以首次招收副学士学生，亦有计划与内地院校商讨专升本课程。

　　不过，林文通亦表示，其认同凌友诗的看法，因为过于依赖非本地生源，或将影响本地教育规划，因此整并是台湾高等院校不可避免的漫漫长路。