周作人与妻子羽太信子合影，左一为羽太信子，左二为周作人。
抗战爆发后，北京大学、清华大学不愿做奴隶的教职员和学子迁往昆明和内地，在抗战中继续工作与求学。年老多病及家累过重的少数教授罗常培、马裕藻、魏建功等人被迫留下来，校长蒋梦麟让他们保护校产。周作人当年52岁，身体很好，完全可以南下。然而他过惯了舒适安逸的生活，深知南方的艰苦，他留恋窗明几净的“苦雨斋”，舍不得离开八道湾仿日本式的书房和各种摆设，所以借故家累太重而留下了。
周作人一贯提倡“闲适”。他早在1920年代初就认为：“在这被容许的时光中，就这平凡的境地中，寻得些须的安闲悦乐，即是无上幸福。”（《死之默想》）1930年代后期，他更是埋首故纸堆里，沉浸在草木虫鱼、苦茶古玩之中，远离了时代的风雨和奋争的大众。在抗日战争的炮火声中，周作人留在北京，依然坐在“苦雨斋”（此时已更名为“苦住庵”）中，坚持他的爱好“听谈鬼”“学画蛇”“玩骨董”“吃苦茶”，关注杂学知识，翻译他的希腊文学。有时还到琉璃厂，与老朋友钱玄同、马幼渔等聚会。出入八道湾走访他的学生、留日老同学、旧同事、日本文人络绎不绝。
就在此期间，发生了1939年元旦周作人遇刺事件。关于刺杀事件背景，说法纷纭。一种说法是刺杀者自称是“天津中日学院”的学生，但却代表了国内部分激进青年，对周作人1938年年初出席日本大阪每日新闻社在北京召开的“更生中国文化建设座谈会”表示愤怒，是一次有组织的锄奸行动。一种说法是周作人晚年在香港出版的《知堂回想录》中，关于“元旦的刺客”为自己的辩解。他说这次刺杀是日本军警所为，实际上是逼迫他就范。不论何种背景，刺杀事件产生的后果，就是使周作人这位胆小又怕吃苦的文弱教授，最急切的要求是先要寻求保护。这也符合他一生遵奉的人生哲学“苟全性命于乱世是第一要紧”。而在当时对他这种要求能够满足的只能是日伪军警当局。他也知道他在敌伪时期的职位越高，这种保护的保险程度就越高。刺杀事件发生以后，使周自觉地向日本人靠拢。不久，便接受了北大图书馆馆长职务。以后，在一年里又相继担任北大文学院院长、“东亚文化协会理事”、“评议员”等。直至后来出任伪华北政务委员会教育总署督办一职，在丧失民族气节的下坡路上不断地向下滑去。据日本《大阪朝日新闻》当年报道，他在遇刺脱险后发表谈话说：“这（指刺杀事件）对我来说在今后的工作上，成为一个好的转机也说不定。”这段话无疑是一个宣言，公开表示他将不像原来那样忍受贫困生活了。据近年披露的周作人晚年致香港友人鲍耀明书札，他在解释出任伪职一事上，特别强调了“官俸”和“津贴”，也就是收入问题。这也是周作人“落水”原因的一个佐证。有的学者曾形象地说：“一颗子弹没有钻进他的肚皮，却打弯了他的膝盖。”这一枪改变了周作人的生活道路。他也从此由封建阶级的叛逆士、中国新文学的闯将，堕落为中华民族的罪人。
关于周作人“下水”，郑振铎先生曾说过这样的话：“‘必败论’使他太不相信中国的前途，而太相信日本的海陆军力量的巨大。成败利钝之念横梗于心中，便不能不有所背，有所从了。同时，安土重迁和贪惯舒服的惰性，又使他设想着种种危险和迫害，自己欺骗着自己，压迫着自己，令他不能不选择一条舒服而‘安全’的路走了。”（《惜周作人》《萌芽》1946年第1卷第3期）郑振铎的这个分析符合实际且切中要害。
伏案翻阅周作人这位新文化运动骁将的手迹，联想其当年文坛风云人物“周氏兄弟”同途殊归的不同人生结局，真是令人感慨万千。但是，不论命运是如何安排，道路却是自己选择的。周作人附逆投敌，晚节不贞，作为中国现代文学史上的典型文化现象，对于研究中国知识分子的心灵路程及命运归宿，进而引出积极而深沉的思考，具有重要意义。周作人失败的人生，颇值得人们深长思之。