晚清时期嘉应留日学生在东京的合影照
中国留学生通过日本生活的经验接触近代价值，痛感到有必要改变中国。他们首先做的便是剪掉被外国人嘲讽为“猪尾巴”的发辫。
无须多言，发辫是来自满族的习俗，立志推翻清朝的太平天国将士都蓄着长发。清朝考证学的名家、“学问革命家”章炳麟（号太炎、浙江余杭县人）剪去长发以示排斥满族，而同样剪去发辫的鲁迅则表示，“并没什么特别的含义，只是不方便”。对很多留学生来说，发辫象征着中国的落后，如果换成行动方便的发型，日本式的富国强兵就有可能得以实现。
然而，清朝对于留学生剪去发辫的行动感到不快。甚至警惕他们转向于革命运动，开始通过日本政府来取缔留学生。1905年日本颁布了取缔留学生规则事件，要求中国人就学的学校监督他们在校外的活动，不接收在其他学校受到退学处分的留学生等。对以上措施，留学生们表示反抗，以“日本政府不尊重我们的人格”为由结成同盟罢课。当时的《朝日新闻》将此事恶意报道为“清国人的放纵卑鄙”，革命派活动家陈天华在大森海岸投海自尽，2000名留学生同时回国以抗议日本政府。
日清两国政府的态度将留学生逼上了反体制的方向。日俄战争的影响更坚定了他们反清、反日的决心。
1904年爆发的日俄战争，是围绕朝鲜半岛和中国东北三省权益而引起的战争。起初，第四次伊藤博文内阁提倡日俄协商论摸索共存的途径，但是，与沙俄争夺中国权益的英国想借助义和团战争中受到好评的日本军事力量，于是在1902年与桂太郎内阁结成了日英同盟。随着近卫笃麿的国民同盟会、国家主义者头山满的对俄同志会的成立，国内舆论转向了主战论。
在这种形势下，1903年4月，留学生们在东京成立了拒俄义勇军，抗议义和团战争时出兵的俄军霸占东北地区。得到日本公使通报的清政府认为该运动是革命派策划的，解散了上海、北京召开的反俄集会。留学生由此认识到清朝毫无前途，转身投向革命。
日俄开战的消息传来，几乎所有的留学生都把日本作为黄色人种的代表而加以支持，并为日本的胜利感到由衷的喜悦。然而，随着日本屡次战胜，他们发现日本人的态度有所变化。某留学生在列车上遇到出征的士兵，被骂成“我们为了中国而战，竟然不知羞耻来留学！”还有人被路边的日本人往身上扔石头。
这场战争中，日本军队在著名的旅顺203高地之战中的战亡人数达59000人，而1905年的《朴茨茅斯条约》未能获得赔款，愤慨的人们发起了日比谷烧打事件。很多人把眼睁睁看着国土成为战场而标榜“局外中立”、束手无策的清朝被看做“东亚病夫”，用对中国留学生傲慢态度，来弥补未能得到满足的战胜情绪。
日俄战争后日本的野心更加露骨，进一步加深了留学生的反日情绪。有这么一个小插曲。有一天，日本人的小孩到留学生家里玩。小孩看到房间里的中国地图便说，“这里将来也是日本”。留学生吃惊地问他为什么，小孩说，“老师说支那人懒惰将灭亡，灭亡了支那就是日本的了”。当时日本的小学教授沙俄、中国“敌国情况”，留学生对日本社会这种把对中国的敌意教给孩子的狭隘器量感到深深的失望。加上日美在南满洲铁路的共同经营问题上出现对立，使留学生们明确认识到日本已站在列强侵略中国的前列。
1907年开始，在日本的中国留学生开始减少，1911年辛亥革命爆发后，3000名留学生回国。之后虽然也得到继续，但是日本留学潮再也没有出现。20世纪初民间展开的日中友好，虽有嘉纳治五郎等人的善意和努力，却未能取得成果。