谢育才途经吉安时，被早已叛变的交通员出卖被捕。1942年4月特务拟胁迫谢育才一同前往诱捕郭潜，谢育才意识到南委面临的危险，连夜逃走，行程1000多里，于5月22日到达南委所在地，向组织报警。
此时的郭潜，刚从桂林领取上级组织汇来的10万元经费返回，已经到达曲江。南委在接到谢育才报警后，于5月24日给郭潜发了让他撤离的电报，但郭潜完全丧失警惕，收到电报后没能及时把密码译出。5月26日，他被中统特务逮捕。面对特务的突击审讯，郭潜提出3个条件：一是从桂林领回的南委经费中给他1万元（后来他实际拿了3万元）；二是不公开叛徒面目；三是保证人身安全。中统特务知道南委组织部长的位置非常关键，一旦策反成功，将会对南委地下党组织予以重创，于是爽快地答应了他的条件，郭潜随即叛变。
叛变当晚，郭潜就带着特务破坏了粤北省委机关。28日晨，郭潜译出了南委要他撤退的电报，中统特务们据此认为南委已有准备，再破坏已不大可能。郭潜却说，抓紧去还有可能。于是，郭潜带着特务于5月30日赶到乐昌，把由香港撤退回来的中共南方局委员廖承志逮捕。随后，郭潜又带领特务前往南委机关所在地大埔，逮捕了南委副书记张文彬（后牺牲）和宣传部长涂振农等一批党员。在破坏南委机关后，郭潜又带领特务前往广西，破坏了广西的地下党组织。特务们还派郭潜去诱降廖承志，郭潜走进廖承志的囚室，刚一开口，廖承志就愤怒斥责：“叛徒，可耻，你不配跟我谈，滚！滚！滚！”郭潜只得灰溜溜地走了。
从此，郭潜走到了革命的对立面。
大特务郭乾辉
在完成了对南委的破坏后，郭潜参加了中统特务组织，并恢复使用本名“郭乾辉”。
当时，中统局由徐恩曾负责。徐恩曾非常注重对中共的渗透工作，在中统局内成立了一个分化瓦解委员会。徐恩曾给郭潜一个专员的名义，并让他做了这个委员会的负责人。郭潜得到这个职务后，非常卖力地工作。他挖空心思地编造了一个“中国共产党非常委员会”，宣称这个所谓的非常委员会已经召开了代表大会、发表了宣言，制造出中共分裂的假象。其实宣言不过是郭潜闭门造车、熬了几个通宵编造出来的东西，但徐恩曾对此非常满意，认为这是对中共开展心理作战的佳作，于是派了很多特务在重庆、贵阳、西安乃至陕甘宁边区附近散布这个宣言，企图造成中共内部的混乱。结果这个谣言毫无影响力，中共没有理睬，社会上也没有什么反应。
“非常委员会”没有奏效，郭潜不甘心。于是，他改变方法，由心理作战转为人身攻击，编写出攻击污蔑中共的《新红楼梦》等小册子，通过中统特务组织广为散发。这一套粗制滥造的东西，内容上自相矛盾，破绽百出，难以自圆其说，其传播效果也可想而知。但通过这些工作，郭潜却成为了中统局的中共问题专家，其职务也逐渐提升。1947年，他在中统局改编的特务机关党员通讯局中，已经升任负责中共工作的研究处副处长。