据《民立报》报道，在武士英被捉拿的第二天下午，法租界巡捕再次来到应桂馨家中仔细搜查，除搜到更多的公文凭据外，最重要的发现是搜获一把六响手枪，枪里还有三颗子弹尚未射击。经技术检验，子弹与宋教仁身上取出的子弹正是同一型号，所存数目与车站所放三枪也完全吻合。
说到这里，宋教仁遇刺案似乎已然告破，凶手是武士英，指使人为应桂馨，洪述祖为共谋——但是，事情真的那么简单吗？要知道，当时上海租界内发生暗杀案并不是什么新鲜事。这些案件，真正破案的极少，就像数月前发生的光复会首领陶成章遇刺案，当时并没有破获，直到几十年后，蒋介石在日记中承认，这事是他的把兄、当时的上海都督陈其美指使他干的。像陶成章遇刺这样的暗杀案还有很多，为什么宋教仁遇刺案能在三天内即告破获呢？这破案的速度之快，情节之离奇，过程之戏剧性，未免让人觉得有些匪夷所思了。
最让人不可解的是，国民党人似乎早已知道应桂馨就是刺杀宋教仁的主凶，两次报案都对应桂馨有明确的指向，只是鉴于自己没有执法权而求助于租界巡捕房。从表面上看，是租界巡捕破获此案，抓获元凶，但实际上都是有国民党人在旁边协助，并主导了整个过程。
先说两个四川学生的报案，极可能是在向国民党上海交通部交际长周南陔举报后，随即又前往公共租界巡捕房报案，而随后王阿发的报案，很可能是在武士英没有抓到时，国民党人在其房间内发现了一张名片，名片上的人正是应桂馨。这时，众人这才恍然大悟，原来姓有一“撇”的不是“虞”，不是“唐”，也不是“廖”，而是应桂馨的“应”。
别的不说，王阿发的报案就很耐人寻味。据《民立报》3月25日报道，王阿发以出卖字画为生，曾到过应桂馨家中。某日，应桂馨请他帮忙杀一个人，并出示了宋教仁的相片。王阿发最初拒绝。应说可以请同乡帮忙。王阿发于是又去找曾在东三省做过马贼的同乡邓某。邓某曾与王阿发一起去应家，但因应桂馨不在而未能见面。当晚，邓某反悔不干，说：“我现在客居他乡，怎能无故杀人呢？”这话被人听见后举报给了国民党方面，国民党人于是顺藤摸瓜，将王阿发送到某公司，并通过私人关系找到为租界巡捕房服务的两名包探头目，通过胁迫的手段逼迫王阿发说出整件事的原委，之后才有了王向巡捕房报案的经过。
根据“宋案”的审讯记录，在应桂馨被抓获的第二天下午，公共租界会审公堂对应桂馨进行了第一次开庭预审，其中重头戏即为王阿发与应桂馨的对质。让人感到有些出乎意料的是，应桂馨在庭审过程中应对自如，反而是王阿发的说法漏洞多多，这让案情就更加的扑朔迷离了。
作为证人，王阿发在庭上供称，因为出卖字画的缘故，他曾去过应桂馨家中两次。巡捕房律师侃克发问，你既然到过应桂馨家中两次，那么他拿出照片给你看并欲办照上之人，究竟是第一次，还是第二次？王阿发说是第二次，此后他未曾去过。
会审公堂令应桂馨与王阿发当面对质。应桂馨问王阿发，你说到我处兜售字画，第一次是在何时，第二次与第一次又相隔几天？王阿发答，第一次约有十天，第二次距离第一次大约三天。应又问，你来兜售的字画，是何种字画？画系何人手笔？所画是山水，是人物，还是松竹？王答说，字画系手卷，为仇英所绘，画是山水，也有人物与松竹。
应桂馨转头对会审公堂说，请堂上注意，仇英乃中国画家名人，只画人物，从无山水，松竹更非其所长，王阿发的供述，请为注意。接着，应桂馨又向王阿发发问，你从何处得来此画？王阿发说，从东清铁路觉鲁生处得来。应桂馨又向堂上声称，东清铁路只有拓鲁生一人，王阿发所供姓名不清，请堂上注意。
随后，应桂馨再次向王阿发发问，你第二次到我处，所说甚话？王阿发说，第二次到你处，因你不在，没有会面，以后也未会晤。应桂馨于是向堂上高声抗辩：刚才巡捕房律师发问时，王阿发称第二次到我处，我拿出照片欲办一人，现在他又说第二次到我处时未曾会面，此种供词，请堂上注意。
第一次预审结束后，应桂馨被押回巡捕房，王阿发取保候质。也许是意识到明显的漏洞，王阿发在第四次、第五次预审中又改口称到过应桂馨家中三次。{1}其中，第一次是去卖画，应桂馨说有事相托，因而第二次去时问起何事相托，应桂馨拿出相片想买凶杀人。听到此处，应桂馨的辩护律师爱礼司大声质问：你前后究竟去过几次？王阿发答三次。律师又诘问，你第一次在堂上说去过两次，如今又说三次，到底是三次还是两次？王阿发答，我是说自己一人去过两次，第三次是与姓邓的同去，后来与姓邓的同去时，应桂馨不在家，于是作罢。
第六次预审中，应桂馨还说了这样一段话，说自己第一次见到王阿发时，王说自己住在小客栈，那时王拿信来见，想要求事情做。但他见过后，认为这个人不但自己不能收用，其他任何人都不能收用，在堂上即可见其为人。对于这段话，王阿发一方似乎并没有反驳。如此看来，王阿发的确见过应桂馨，但并不是去兜售古董，而是去求职。
从整个庭审过程来看，王阿发的职业素质不高、供词前后不符。究竟是因为在公堂上情绪紧张所致，还是应桂馨根本就没有托他买凶杀人？这个很成问题。以常理推论，宋教仁是当时炙手可热的政治名人，刺杀他决不是小事情，按说主使人应该极其机密，不可能随便透露给他人，何况王阿发与应桂馨不过是一面之缘。再者，应桂馨本身就是黑道中人，如要买凶杀人，直接指使手下的职业杀手即可，为何要去找完全不相干的古董商人王阿发，而且还让王阿发再去找其他人呢？
从报案到破案的整个过程，可以明显看出国民党人若隐若现的身影。由此或许可以推论，不管是两个四川学生的报案，还是古董商人王阿发的报案，背后都是出于国民党人的安排，而从宋教仁被刺开始，其锁定的目标也都明确指向青帮大佬应桂馨。那么，应桂馨是个什么样的人，他与国民党人又有着怎样的瓜葛呢？