武士英被捕入狱之后，于1913年4月24日在狱中暴毙。外界传言，这是应夔丞的党羽为了杀人灭口，把毒药放入馒头送进监狱把他毒死的。
而与此同时，应夔丞还依然被囚狱中。1913年7月，“二次革命”爆发，应夔丞在兵荒马乱之时，纠合狱中囚犯越狱逃跑，躲进了青岛租界。
1913年，孙中山等革命党人发动了讨伐袁世凯的“二次革命”。但由于仓促上阵，实力不足，国民党的军事领袖黄兴迟疑不决，主张法律解决，“二次革命”遭到挫败。
之后，黄兴、孙中山纷纷出逃海外，而袁世凯则在数月之后，当上了自己觊觎已久的中华民国正式大总统。
袁世凯镇压“二次革命”后，应夔丞认为时机已到，公然发出“请平反冤狱”的通电，并大摇大摆地跑到北京，要求袁世凯实践当初“毁宋酬勋”的诺言。袁世凯如果授予他勋位，那就等于自己承认是刺杀宋教仁的主犯，这让袁世凯非常头疼。
应夔丞在北京住了很长一段时间之后，1914年1月，袁世凯突然派他去天津。从北京开出的火车上，应夔丞悠闲地张望着冬日的景色。两条人影闪进包厢，包厢内传出一阵惊叫，片刻之后，就恢复了平静……
应夔丞的死讯传出后，天津《大公报》马上登出消息并配上评论，评论中毫无掩饰地指出: “(应)公然发电卖功，旋复大摇大摆款段入都，蛛丝马迹，宋案之底里，因不难揣测而知。”把矛头直指袁世凯，然而，事情并没有到此结束。
1914年2月27日晨，天津河北区仁寿里赵秉钧的私宅中传出一阵阵撕心裂肺的哭嚎。“都督病死了”的消息不胫而走，此时的赵秉钧只有51岁。
刺宋案发生后，袁世凯为掩人耳目，将赵秉钧调任直隶都督。赵秉钧死前一段时间，还曾经多次前往北京晋见袁世凯，对外的报道为研究国体事宜。
在这样的时刻，赵秉钧的死不能不令人产生怀疑。赵秉钧的死，使得袁世凯是刺杀宋教仁的元凶的说法缺少了最为重要的直接证据。
而那个乱讲话的京兆尹王治馨，因袁世凯十分痛恨他在宋教仁追悼会上此地无银三百两的辩白，于民国3年6月，以他贪污区区500元之罪将其处死。
最后一个轮到的，便是北京方面的直接联络人洪述祖。洪述祖一直暂避青岛，直到袁世凯一命归西，他才敢出来活动。却没想到在上海惹上了诉讼官司，刚刚处理完想离开，就被宋教仁时年15岁的儿子宋振吕等人在捕房门口当场扭住，送至法院，以当年杀人在逃之罪被判处死刑。