1959年，梅汝璈一家在十三陵合影
最早提出研究南京大屠杀
审判结束后，由于美国的操纵，法庭以“罪证不足，免予起诉”为借口，先后分两批将剩下的42名日本甲级战犯全部释放。因此，1948年12月以后，远东国际军事法庭实际上已无事可做，各国法官只得纷纷回国。
1949年6月，梅汝璈设法由东京抵达香港，与中共驻港代表、清华校友乔冠华取得了联系，乔装打扮后又秘密由港赴京。到达北京的第三天，梅汝璈便应邀出席了中国人民外交学会成立大会，周恩来在会上介绍：“今天参加这个会的，还有刚从香港回来的梅汝璈先生，他为人民办了件大好事，为国家争了光，全国人民都应该感谢他。”回到祖国怀抱的梅汝璈心头激起了层层热浪。1950年，梅汝璈担任外交部顾问，1954年当选全国人大代表和全国人大法案委员会委员。此后，梅汝璈还任第三、四届中国人民政治协商会议全国委员会委员，以及世界和平理事会理事、中国人民外交学会常务理事等职，为新中国的外交与法律事业做出巨大贡献。
然而好景不长，1957年“反右运动”开始，梅汝璈受到了不公平对待。提起这段往事，梅小璈回忆，父亲被打为右派与他根深蒂固的法治精神也有关系，“据说，在一次公开会议上，父亲发言称要防止再出刘青山、张子善这种贪官，光靠个人自觉不行，还得靠制度。这句话被看成是父亲‘旧法观念’未除的标志。”梅汝璈成了“靠边站”的一类人。“文革”开始后，梅汝璈被强制要求在外交部内扫厕所，写外调材料。在一份检查中，梅汝璈写道：“我实际上只是一本破烂过时的小字典而已。”
这一时期，梅汝璈仍然不忘国耻，首次提出政府应该研究南京大屠杀。上世纪60年代初，日本军国主义阴魂复活，右翼分子在名古屋为东条英机等7个被处死的战犯树碑立传，把他们吹捧成“殉国烈士”“民族英雄”。有关部门邀请梅汝璈写一篇反驳文章，梅汝璈依据在远东国际军事法庭上掌握的材料，编写了《关于谷寿夫、松井石根和南京大屠杀事件》一文。文中写道：“我觉得，为了充实历史和教育人民，我国的历史工作者对于像轰动世界的南京大屠杀一类的事件以及外寇在我国的其他残暴罪行，似乎还应该多做些调查研究和编写宣传工作……我国学术界和出版界对于这个缺陷似不应不亟谋补救，亦不应以此类调研有困难、无急需或不愉快为理由而淡然置之。”然而，随着“文革”的来临，梅汝璈的建议最终没有得到应有的重视。
1950年，梅汝璈和女儿梅小侃
名字是中日关系晴雨表
上世纪70年代，中美关系得到改善，广播里开始有一些教英文的节目，也出版了很多学英语的小册子。梅小璈回忆，“那时候父亲就已经神志不清了。有一次我从内蒙古回京探亲，去医院看望生病住院的父亲，他睡梦中偶尔会蹦出几个英文单词，也不知道说什么。听医院的护士说，他清醒的时候偶尔会教护士们说英语，是纯正的美音。”梅小璈说，那个时候他开始意识到，父亲已走到人生的最后一个驿站。
1973年，梅汝璈在北京逝世，终年69岁。姐弟两人知道了父亲的经历后，梅小璈的母亲肖侃女士专门告诫他们：“不要老去宣传你们的父亲。真正抗日的，是4万万同胞，你父亲只是完成了政府交代的任务，他从没觉得自己有什么与众不同。”梅小璈说，这是母亲的教诲，但同时一定也是父亲的遗愿。
1973年下半年，梅小璈回到北京。1977年恢复高考，梅小璈考入北京师范学院，后进入中国青年报工作，并在这一时期开始整理父亲的遗作和日记，姐姐则进入雀巢公司，后来升任高管。2003年，追随梅汝璈一生的母亲肖侃也离开了姐弟两人。现在，梅小侃和梅小璈都退休在家，梅小璈继承了父亲的遗志，从事远东国际军事法庭的研究工作，在他的努力下，梅汝璈未完成的书稿《远东国际军事法庭》以及东京审判期间的部分日记均已出版。曾有人说：“梅汝璈名字出现的频率和受关注的程度，基本上是中日关系的晴雨表。”中日关系紧张时，他便被人翻出来说；中日关系缓和时，他便成为不合时宜之人被淡化。但梅汝璈曾这样评价自己：“我不是复仇主义者，我无意于把日本军国主义欠下我们的血债写在日本人民的账上。但是，我相信，忘记过去的苦难可能招致未来的灾祸。”这些话语掷地有声，我们要永远铭记。