1899年，张竹君以优异的成绩从博济毕业，成为一名通西医内外科的全科医生，开始了悬壶济世的生涯。在闺中密友徐佩萱（后改名徐宗汉）变卖首饰妆奁的资助下，她在广州荔湾开办了禔福医院，自任院长，专为贫民治病。两年后，两人又开办了南福医院。张竹君的壮举，不仅让她成为了中国历史上第一位女西医，亦开辟了女界办医院之先河。
清末的广东，风气远较内地开通，革命思想也较浓厚。原本性格外向的张竹君受此影响，亦不断有反传统的惊世骇俗之举。其中，最有名的是她在自己的两所医院中定期举办演说会。她的演说多宣传维新思想，抨击封建纲常礼教，鼓吹民权理念，提倡男女平等。宏篇大论，见解高远，令人耳目一新，肃然起敬。
1901年，张竹君将南福医院改名为专收女学生的育贤女学，开启了广东女学之先声。又撰写了《妇女的十一危难事》一书，揭露旧中国妇女在封建枷锁压迫下的卑贱地位，主张妇女解放。1904年，她还设立了广东育贤女工艺厂，招收120名女学员，向她们传授编织等技艺，以帮助女子经济独立自主，为日后女子救国运动奠基。她因此被人誉之为“广东女界的梁启超”。
赤十字会“暗度陈仓”
1904年，日俄战争爆发，张竹君组织救护队北上。甫至辽东，战事已停，乃折经上海，创办女子中西养病院。翌年，与上海富商李平书创立上海最早的一所女子中西医学堂，自任校长，兼授西医课。后又协助李平书开办上海医院，任院长。
这期间，她和好友徐宗汉都加入了同盟会，开展反清救国活动。1911年4月，广州起义失败后，张竹君与徐宗汉一道护送黄兴赴香港，后在她的“撮合”下，徐宗汉与黄兴结为革命夫妻。
1911年10月10日，武昌首义，三镇光复。清廷迅速调集水陆大军开赴汉口，妄图扼杀起义于襁褓之中，革命军亦渡江前往汉口，在刘家庙阻击清军集结反攻。10月18日，惊天动地的“阳夏保卫战”爆发，武汉三镇陷入了一场长达41天的大战。
武昌起义爆发后不久，为结束起义军群龙无首的状态，湖北军政府电即促尚在香港的黄兴、宋教仁等人来汉参赞戎机。当时清朝关卡检查严密，黄兴又是被全国通缉的“要犯”，无法从陆路直接到达武汉，一行人只得走水路，取道上海，赴武汉。
此时的张竹君也正在做赶赴武汉的准备。听闻武汉一带伏尸遍地、江水为赤的惨状后，她便在上海的报纸上刊登《发起中国赤十字会广告》，表示，自己“愿率同学数十人先赴鄂、次赴蜀”，以尽医生天职。赤十字会标榜“本人道主义，救护因战受伤之人，不论何方面人，视同一体”，很快在上海滩引起强烈反响。仅仅经过两天的动员，张竹君就获得了足够的资金，于10月19日在上海医院召开了中国赤十字会的成立典礼。
10月24日晚，由会长张竹君领队，中国赤十字会会员男女一百余人乘坐英商怡和公司“瑞和”号轮船，溯长江而上前往武汉。而在这支队伍中，有几位使用化名，并无医护执照的“男女医生”，他们的真名则是：黄兴、徐宗汉、宋教仁……
当时，上海、江苏等地的沿江口岸仍掌握在清军手中，各地盘查甚严。但在赤十字旗帜和白大褂的掩护下，一行人轻松地通过了层层封锁。船过九江时，黄兴见清军湖口炮台已树白旗，知九江已光复，遂对众人说：“我们已到自己地带！”百余人皆欢呼不已。
10月28日下午，张竹君和黄兴等人顺利到达武汉。黄兴旋即被黎元洪拜为革命军战时总司令，随后足着草鞋，腰悬水壶，渡江亲临汉阳前线与清军奋战。
