“雷电行动”几乎完全按原先制定好的时间表进行的：7月3日23点01分，袭击部队的一号机降落在恩德培机场。23点05分响起枪声。23点54分，搭载人质的二号机比预定时间提前2分钟离开恩德培机场。接着，三号、四号机相继起飞。肖姆将军乘坐的一号机是7月4日0点30分升空的。4架“大力神”飞机完好无损地飞离乌干达领空。
这次袭击，以色列突击队员炸毁了乌干达的11架米格飞机。另外，还不得已杀死了45名乌干达士兵。在撤离恩德培机场时，106名人质中有2人中弹死亡，1人当时因病住在乌干达医院（后被阿明处决），后来又有1名受伤的人质在返回途中死亡。活着回到以色列的人质为102人。突击队员中只有内特雅鲁中校1人牺牲。
7月4日下午，从沉重打击中清醒过来的乌干达总统阿明接通了以军的一名高级将领的电话，他对以色列的“野蛮行径”破口大骂，但在最后，他却由衷地称赞说：“我作为一名职业军人，认为袭击非常成功，以色列特种部队真他妈的是好样的！”
4日上午10点，由非洲返航的“大力神”编队进入以色列领空，几架以色列鬼怪式战斗机呼啸着前去护航。在此之前，绝大多数以色列人已从凌晨3点的特别广播中得知了人质获救的消息。
当满载着胜利的“大力神”机群临近时，全国各地响彻了拉比在节日里才吹奏的羊角号声，各种满载人群的车辆驶向本·古里安机场，人们要热烈地欢迎获释的人质和凯旋的突击队员。年轻的国家需要英雄，以色列政府盛赞乔纳圣·内特雅鲁中校的功绩，追升他为上校。并且为了使子孙后代永远牢记烈士的勇敢精神，以色列政府决定把这次“雷电行动”称为“约纳坦行动”（也称恩德培行动）。
此次救援行动共造成4人死亡，包括约纳坦·内塔尼亚胡以及3名人质，其中有一名人质被军方误杀。以色列经过调查和询问其他人质后披露了这名人质的死因。
特种部队在向乌干达士兵和劫机者开火扫射的同时还抛出了手雷，其中一枚落到了这名人质跟前。他本来已经趴了下来，但当他意识到手雷就在他跟前时吓得灵魂出窍，惊叫着跳了起来。特种部队的子弹一下子贯穿了他的胸腔。此人当即毙命。
调查结束之后，抛手雷的士兵和打出致命子弹的士兵均被以色列军事法庭判处间接谋杀罪，削去军籍，不得再次参军。
由于默默无闻的摩萨德特工们干得十分出色的跑腿性工作，恩德培机场的闪电袭击和营救人质行动取得了令人惊愕的成功。其行动之大胆、奔袭距离之遥远，展露了以色列打击恐怖主义的能力。