第一阶段
（3月27日-5月2日）
美军的封锁重点是日本运输船只的必经之道———下关海峡。同时，对广岛和佐世保也布设水雷，以封锁日本舰队并钳制其扫雷兵力。
3月27日，150架B-29轰炸机从马里亚纳空军基地起飞，于当天夜间飞抵日本本土。其中58架飞机在多个地点投弹，吸引日军注意力；其余92架飞机继续北飞，在1500～2500米的高度上首次对下关海峡投放数百个水雷。4月1日冲绳战役开始前，美军在下关海峡布放水雷1000吨，基本切断该海峡。整个4月份，美军主要对吴港和佐世保的海军基地、广岛军用装卸港实施布雷，以阻滞日军残余舰艇经由九州西海岸支援冲绳作战。可以说，这一阶段的布雷除了封锁下关海峡，发挥持久的战略封锁作用外，还起到了支援冲绳岛战役的作用。
此阶段，美军共出动246架次B-29轰炸机，布雷2030个。日本船只被水雷炸沉19艘、炸伤39艘，共计10万吨。由于下关海峡及主要港口被封锁，日本海上交通运输量减少到战前的25%，通过下关海峡的货运量下降约50%。
第二阶段
（5月3日～5月12日）
美军的封锁重点是日本工业中心城市。从5月3日至12日，美军出动飞机195架次，布雷1422个，布雷区域除下关海峡外，还有东京、名古屋、神户、大阪等重要港口和濑户内海的主要航道，切断了日本各大工业区之间的海上交通和日本内海航道的整个交通网。
美军在这个阶段首次使用了水压水雷。水压水雷是一种利用舰船航行时对海水的压力变化而引爆的非触发性水雷。这种水雷在当时还没有可靠的扫除器具，易布难扫，使日军望雷兴叹、束手无策。5月份，在下关海峡被水雷炸沉或炸伤的船只有113艘，迫使由朝鲜及中国东
北装载物资的船只，不能直接通过下关海峡进入濑户内海，只能绕道至本州西北及其西岸的港口卸载。而作为日本主要航运海域的濑户内海，实际上已成为“死海”。在濑户内海只能通行小型的木船和小驳船，致使日本工业城市的资源严重缺乏，国民生产濒临停顿。
第三阶段
（5月13日～6月6日）
由于美军的布雷封锁中断了濑户内海经过下关海峡通往亚洲大陆的航线，日本不得不重新选择出海口和航线，尽可能多一些运回赖以生存的粮食和工业、军用物资。为此，日本充分利用了本州西北部的舞鹤、敦贺、伏木等港口。美军为了切断日本的新航线，从5月13日至6月6日，出动飞机209架次，对本州西北部各港和九州布雷1313个，并开始使用抗扫能力较强的低频音响水雷，使这些港口完全被封锁，阻滞日本船只达1200余艘。
日本为了保障航道和港口的畅通，组织了349艘扫雷舰船和2万余人进行大规模的扫雷行动。尽管日军扫雷舰船损失了四分之三，耗资巨大，在濑户内海就花费了3571万日元，但仍然无法突破美军的封锁。日本船只不敢轻易出海，大量物资难以运回国内，日本逐渐陷入了瘫痪和饥饿的境地。