由于杀害基洛夫的不是富农或耐普曼分子，也不是外国公民，而是联共（布）党员尼古拉耶夫，斯大林就特别注意到列昂尼德·尼古拉耶夫有个兄弟叫彼得，他“两次从红军开小差”，据说“与公开的白卫军分子……有交往”。由此作出了一个可疑的结论：“彼得·尼古拉耶夫是彻头彻尾的白卫军分子”。Л．尼古拉耶夫在自己的住宅里隐藏兄弟的材料成为作出另一个仓促结论的理由。这结论就是“在公开的白卫军分子彼得·尼古拉耶夫与其兄弟、列宁格勒季诺维也夫派成员、后来的杀害基洛夫同志的凶手列昂尼德·尼古拉耶夫之间没有任何区别”。由此作出另一个可疑的结论是，“列昂尼德·尼古拉耶夫在杀害基洛夫同志前早就已经是党的敌人和货真价实的白卫军分子”。
这些令人怀疑的结论可以与下列事实相对照：季诺维也夫反对派领袖之一弗拉基米尔·鲁缅采夫的兄弟亚历山大曾在尤登尼奇的部队服役。而从鲁缅采夫和尼古拉耶夫兄弟的命运中作出了逻辑上非常勉强的结论：“季诺维也夫派怀着对党的领导的仇恨和在党内使用两面派手法……为这些败类编造出能为他们白卫军事业辩解的‘合适’的思想意识宣传。”
同时，斯大林竭力把注意力放在尼古拉耶夫周围的人身上是有理由的。斯大林了解革命恐怖活动的历史，他能怀疑，尼古拉耶夫产生谋杀基洛夫这一念头是因为受到他周围人的影响，犹如卡拉科佐夫出现谋杀亚历山大二世的想法一样，他是受到伊舒京革命组织惩治沙皇的有煽动力的号召的影响。因为侦查确定，尼古拉耶夫周围是季诺维也夫分子，斯大林有理由认为他们在唆使凶手上是有责任的。
反对派可能参与这一谋杀或者至少是关心这件事，托洛茨基的话可以证明，他评述说，“杀害基洛夫这个聪明、无情的列宁格勒专制者”是斯大林政权危机的标志。在《反对派简报》里托洛茨基高谈阔论道：“正如沙皇时代一样，政治谋杀是风暴气氛正确无误的征兆，并预告着公开的政治危机的开端。”
还是在列宁格勒侦查过程中斯大林就看到了有关季诺维也夫派活动的报告，它是内务人民委员部工作人员在1934年年中准备的。报告的作者请求基洛夫批准逮捕这一派的成员，但是基洛夫拒绝了。现在控告他们策划反政府的阴谋而逮捕了这一派的成员。选择季诺维也夫分子作为基本对象未必是偶然的。亚戈达过去是布哈林的追随者，早就是季诺维也夫和加米涅夫的对头，他个人仇恨加米涅夫也是有理由的。大家知道，加米涅夫传播了自己与布哈林的谈话记录，从那里可以得出结论，亚戈达是布哈林的可靠追随者。
在侦查材料的基础上与尼古拉耶夫一起受审的还有以共青团维堡区委前书记И．И．科托雷诺夫为首的所谓“列宁格勒中心”的成员。因参与旨在消灭党的领导人的恐怖阴谋，所有的受审者都被判处死刑。12月29日执行了判决。后来“列宁格勒反革命季诺维也夫派萨法罗夫、扎卢茨基等人”一案牵涉到七十七人，其中联共（布）党员六十五人。
但是1935年1月15—16日在列宁格勒举行诉讼季诺维也夫派“莫斯科中心”一案，判决结果却不像对尼古拉耶夫及其同案犯那么严厉，尽管审理过程中全国都举行了群众集会，会上提出了枪毙罪犯的要求。季诺维也夫被判了十年监禁，加米涅夫——五年。判决宣布：“法庭侦查没有查到事实能有理由认为季诺维也夫分子犯有教唆谋杀基洛夫的罪行。”判决与斯大林在1935年1月18日写的《联共（布）中央非公开信——杀害基洛夫事件的教训》中所阐明的对季诺维也夫和加米涅夫作用的评价是一致的。
信中一方面强调，“季诺维也夫分子为了达到自己的犯罪目的滑进了反革命冒险主义的沼泽，反苏的个人恐怖的沼泽，最终滑进了与拉脱维亚列宁格勒领事、德国法西斯干涉者的走狗发生联系的泥潭”；另一方面指出，“莫斯科中心”“看来不知道准备谋杀基洛夫同志的事”。根据一切情况来判断，斯大林这时确信，没有理由认为季诺维也夫和加米涅夫应对谋杀基洛夫负责。
此外，中央的信最初几行指责“莫斯科中心”的首领的不是恐怖主义，而是个人名利。“把他们联结起来的是……一个共同的、无原则的、纯粹是个人名利的目的——爬到党和国家的领导岗位并得到随便什么高职位”。这样，斯大林把谋杀基洛夫首先看做是为夺取国家政权而进行的尖锐斗争的表现。同时未必可以认为，杀害基洛夫为季诺维也夫和加米涅夫消除了通向高职位的道路。显然，现有的党的上层中有人因为基洛夫被害而得益。但是斯大林显然不打算指责高层领导中的任何人，因此只是对早已被打倒的反对派分子予以打击。
信中表明斯大林注意到了列宁格勒党组织的党员失去了警惕性。这样，基洛夫本人死后也遭到了批评，因为他对拘捕尼古拉耶夫的通告和关于季诺维也夫分子地下活动的报告没有给予应有的重视。斯大林指责列宁格勒的党员有“对事业来说是危险的”无忧无虑，“对布尔什维克来说是不能容忍的”疏忽。在信中再次重复了斯大林关于随着巩固社会主义要加强抵抗阶级敌人的著名论题：“党早就已经宣告，苏联越是强大，敌人的状况越是无望——正因为他们处于无望的状态——他们就越快滑向恐怖的泥潭，因此必须全力加强我们大家的警惕性。但是这一真理对于列宁格勒的某些同志来说显然是百思不解的秘密”。很明显，这些话不仅仅是对列宁格勒党组织说的。
列宁格勒党组织的党员没有发现他们城市出现了产生恐怖分子和凶手的派别，党组织领导本人对恐怖主义危险的警告置若罔闻，斯大林认为这种情况是可恶的高枕无忧。在基洛夫被害以后，斯大林不仅见证了千百万人发自内心的悲痛，而且也看到了把这一事件看做是反对现有制度信号的那些人的幸灾乐祸。内务人民委员部的所谓“斯摩棱斯克档案”（斯摩棱斯克州国家机关的材料，战争中被运往德国，后来到了美国）的通报中讲到一个大学生，他说：“今天基洛夫被害，明天斯大林将被害。”在斯摩棱斯克农村传唱着一首歌谣，里面说，基洛夫被害后接踵而至的是取消配给卡，斯大林被害后跟着来的是解散集体农庄。斯大林了解到这些情报后便得出结论，促进出现新尼古拉耶夫的环境还存在，因此必须采取最严厉的措施来摧毁“没有放下武器的敌人的窝”。
在斯大林与叶努基泽电话谈话基础上异常仓促作出的决议规定，要加快（不超过十天）侦查恐怖主义组织和反对苏维埃政权的工作人员的恐怖主义行动的案件，要加快递交这些案件的控诉意见（一昼夜之内），不用旁人参加听取这些案件的审理，禁止上诉并在作出极刑判决后立即执行。这个决议的结果是，在列宁格勒枪决了三十九人，他们被控为属于恐怖主义组织的人，在莫斯科——二十九人，在基辅——二十八人，在明斯克——九人，而在全国开展了反对“阶级异己分子”的运动，与此同时在列宁格勒则大规模地迁走了“过去被推翻阶级”的代表。
但是很显然，斯大林不仅仅是看到了因杀害基洛夫而幸灾乐祸的“阶级异己分子”的危险性，在他以中央名义写的信中要大家注意党内所有的反对派成员。不久过去参加过其他反对派的人便成为1935—1936年许多政治案件中的角色。1935年审理了莫斯科反革命组织——“工人反对派”，该案牵涉过去反对派的首领——А．Г．什利亚普尼科夫、С．П．梅德韦杰夫等人。1935年5月4日斯大林在红军军事学院毕业典礼上的讲话证明，他曾认为过去的反对派分子有可能走上搞阴谋和恐怖的道路。在讲到与反对加速工业化的反对派作斗争时，斯大林指出：“这些同志不会总是局限于批评和消极抵制。他们以起来反对中央委员会来威胁我们。更有甚者，他们用子弹来威胁我们中的人。”
同时，中央的信中提到“右倾分子”，这意味着可能也会给布哈林及其过去的追随者以打击。而在“右倾分子”中就有亚戈达。与契卡人员的谈话以及参加审问尼古拉耶夫没有改变斯大林认为内务人民委员部机关因玩忽职守而有罪的意见。根据А．И．米高扬所说，从列宁格勒回来后，斯大林在克里姆林宫自己的办公室里召集了党的领导人，对他们讲了侦查进展和凶杀情况。“他很气愤：怎么会发生这种事？”米高扬在这次会议上也表达了对内务人民委员部及亚戈达的气愤和怀疑。他回忆说：“我当时对斯大林说，怎么能容忍这样的事？谁应该对这事负责？难道国家政治保安总局的主席对保卫政治局委员不负责任吗？应该追究他的责任。”但是，米高扬继续说：“斯大林没有支持我。更有甚者，他还庇护亚戈达，说从莫斯科很难对这一切负责……现在想起来，斯大林在这一切方面的行为——对亚戈达的态度，不想调查事实——都是十分令人费解的。”
米高扬竭力想把怀疑的阴影投到斯大林身上，值得怀疑的是，一切是否就是如他所说的那样。同时也不排除某些有影响的人物要斯大林相信亚戈达是无辜的。确实，斯大林没有轻易相信内务人民委员会冒自己的名利甚至生命的险而姑息纵容尼古拉耶夫。但随后的事件却表明，斯大林对内务人民委员部及其领导的不信任增强了。
斯大林从历史中知道，反对被颂扬的国王的阴谋，通常都是最接近他的人策划的，往往是那些负有保障他们安全的使命的人。他能回忆起拿破仑的历史经验：他的警察部长曾两次背叛他。他也能回忆起俄国专制君主的历史，包括彼得三世和保罗一世都是被沙皇近卫军推翻和杀死的。斯大林现在可以用另一种看法来解释发生在莫洛托夫身上的交通故事，那是1934年9月他在全国巡视期间，事故差点要了这位人民委员会主席的命。斯大林把这事故以及杀害基洛夫看做是一根链条上的不同环节。他未必会忘了托洛茨基发表在1933年10月《反对派简报》上的话：“斯大林及其追随者尽管很孤立，如果他们紧紧抓住政权不放，反对派将借助于‘警察行动’消灭他们。”假如亚戈达与托洛茨基分子有联系，那么托洛茨基在内务人民委员部机关的帮助下会有可能实行这一“警察行动”。
不久斯大林又一次可以确信，他自己的安全保障是多么不可靠。斯大林的个人警卫长Ｈ．Ｃ．弗拉西克回忆：“1935年夏天发生过谋害斯大林的事件。那是在南方，斯大林同志在离加格拉不远的别墅休息。亚戈达从列宁格勒的涅瓦河驾驶小汽艇到黑海，斯大林同志就乘汽艇作海上游览。有一天在游览时从岸上传来了枪声，是向我们开的枪。我立即让斯大林同志坐到椅子上并用身体掩护他，命令驾艇者驶向公海。我们马上朝岸上打了一梭子弹。朝我们汽艇的射击停止了。”
弗拉西克觉得被拘捕的向汽艇开枪的边防军人的解释是值得怀疑的：他要人相信，汽艇的号码是陌生的……他就开了枪。弗拉西克认为，开枪的人“有足够的时间弄清楚一切，在我们抵达海湾的岸边前，他也不可能不看见我们”。亚戈达派来的汽艇本身也令人怀疑，因为，照弗拉西克所说，“遇大浪它不可避免地会翻船，但是我们对海洋方面的事一窃不通，对此一无所知”。
如果相信弗拉西克的话，那么就像杀害基洛夫时那样，不能说有内行的人参与组织谋害斯大林。但是可以认为，玩忽职守（可以把有人向汽艇开枪也看做是这一行为）和汽艇会在大海里覆没都只能是精心策划的。没有及时通知边防军人斯大林游览一事就足以说明问题。本来只要命令他在岗时遇到出现陌生船只应保持高度警惕就可以了。没有注意汽艇只适于在涅瓦河上而不适于在黑海上行驶也足以说明问题。值得注意的是，斯大林禁止在报纸上刊发任何有关他在黑海遇险的消息，对能置他于死地的这起事故也没有作出组织结论。显然，斯大林竭力要装出样子，仿佛他对海上的遭遇不太放在心上，但实际上未必是这样。
И．С．伊萨科夫元帅对作家西蒙诺夫讲的事可以证明这一点。伊萨科夫说，“基洛夫遇害后不久”元帅就成为“与军事建设有关的一个委员会”的成员。有一次在斯大林办公室开会。会后安排了在克里姆林宫的一个厅里用晚餐。“去这个厅……有相当长的通道而且有几个转弯。在整个通道和每一个转弯的地方都有……内务人民委员部的值勤军官，”伊萨科夫说，“我记得，会后我们来到这个厅，还没有坐到桌旁，斯大林突然说，你们注意到那里站了多少人吗？每次你在走廊里走时就会想，他们中谁会开枪？如果是这个，那么是朝背开枪，如果你拐了弯，那么下一个将正面朝你开枪。就这样在走廊里，你走过他们身旁时这么想……”在这个极不愉快的玩笑中隐藏着对内务人民委员部、它的领导以及随时准备执行自己上司的任何命令的工作人员的潜在的不信任。似乎斯大林被困于又密又黏的宫廷阴谋网中。
斯大林意识到自己的安全缺少保障，便努力与自己的警卫搞好关系。А．雷宾、Н．弗拉西克、В．里亚斯内依和其他契卡人员的回忆里有许多例子说明，一方面斯大林依然对自己的警卫要求严格；另一方面却经常关心他们，善于创造友好的气氛。据雷宾说，斯大林“不止一次请大家在露台上吃饭或是去钓鱼，并讲些过去的生活——地下的、监狱的、流放的生活中的趣事”。斯大林与警卫长弗拉西克有着特别牢固的关系。弗拉西克1931年就担任这个职务。斯大林对他有许多要求，但是许多地方也原谅了他。弗拉西克要求其他的警卫员也要像他那样忠于斯大林。大概，斯大林认为与警卫保持这样的关系是自己安全的最好保障。
同时，斯大林一方面没有免除亚戈达内务人民委员部的领导职务；一方面采取措施将这个人民委员部置于中央的严格监督之下。Н．И．叶若夫1935年2月1日起为中央书记，后来取代Л．М．卡冈诺维奇成为中央监察委员会主席。他被委派监督内务人民委员部，不久就开始积极干预它的活动。（Р．梅德韦杰夫在自己的书中引用的关于叶若夫的许多回忆，没有把他说成具有“病态暴虐”的“恶魔侏儒”的形象。在成为无比权威的内务人民委员之前，用梅德韦杰夫引用的А．萨茨的话说，叶若夫给周围人的印象“是个急躁的但是善意的、关注人的、没有妄自尊大和官僚主义的人”。如果按照一般的逻辑，那么斯大林选择这样的人担当监控内务人民委员部的角色，是希望内务人民委员部的领导人是个善意的关注人的人，而绝不是残忍的恶魔。）据А．奥尔洛夫说，“亚戈达病态地看待叶若夫干预内务人民委员部的事务，注视着他的每一个步骤，指望能在某件事上揭穿他，破坏他在斯大林心目中的印象，摆脱他的监督……实际上亚戈达是在拿自己的前程下赌注。他知道，政治局委员们恨他也怕他”。
但是斯大林没有去动亚戈达，他显然明白，即使亚戈达和他手下的人反对他，也未必是出于自己的主动。从斯大林的行为来判断，从1935年初起他就在查找领导层中站在亚戈达背后的有影响的人。也许，他得到过关于亚戈达与“反莫洛托夫阴谋”参与者有联系的情报，而在那些人中“巴库派”则起着显著的作用。
