到曹魏时，尚书台便从少府寺独立出来，开始成为外廷机构。其首长是尚书令，与九卿为同一行政级别，而开朝会时，位置则在九卿之前，实权相当于丞相。到南朝宋台省合一时，称为“尚书省”。

　　主导曹魏“大部制”改革的是开国皇帝曹丕（魏文帝），曹丕扩大了尚书台的行政职能和内部结构，其下设立了吏部尚书、左民尚书、客曹尚书、五兵尚书、度支尚书、祠部尚书等“六官”，地方上还有派出机构“行台”；同时，精减尚书台下属职官，将东汉时34种尚书郎（又称“郎曹”）合并为23个（后增至25个），分属六官。

　　曹丕的“大部制”改革另一个突出特点，是设置“中书监”。中书，最早叫中尚书，由汉武帝所设，地位很低，与“中丞相”由来一样，也是因由中人宦官（太监）担任。中书监负责为皇帝草诏谋议，因机构设于内宫省禁之内，故称“中书省”，“省”由此也成了古代官署名。加上由服务于皇帝的部门侍中寺改来的“门下省”，中央权力中枢出现了“三省”制度。

　　在魏晋南北朝时期，“三公九卿”制与“三省六官”制并存，朝中有两套行政体系，导致机构重叠，职责混乱。为此，司马炎（晋武帝）代魏建晋后，于太康年间曾就“大部制”改革进行过辩论。

　　就两套行政系统的整合撤并，朝臣各方各执一词。以司空裴秀为代表的保守派占大多数，坚持维护“三公九卿”政体，还行政权于诸卿；以秘书监荀勖为代表的改革派则认为，“设官分职，委事责成……九寺可并于尚书”，主张新政。

　　可以说，曹丕的“大部制”改革，为后来隋唐时期的“三省六部”制奠定了基础。

　　隋唐实行“三省六部”制 “九寺”降格降级

　　隋唐的“三省”指尚书省、中书省、门下省，三省行政级别相当，但功能各异。隋朝规定，中书省决策、门下省审议、尚书省执行，这样三省相互牵制、监督。三省长官实为“宰相”，都参加朝廷最高层决策会议，各对皇帝负责。

　　唐朝进一步改革并明确了中书、门下二省为决策机构，尚书省为中央行政核心，尚书省尚书不能参加决策会议，被排除出决策系统。这种把决策与行政分离的制度设计，是中国古代“大部制”改革的成果之一，相当科学。

　　隋唐时的“六部”是从魏晋时“六官”改来的，即吏部、民（户）部、礼部、兵部、刑部、工部“六大部委”，秦汉时“九大部委”（九寺）被缩减掉3个，创造了中国古代“大部制”改革的典范，一直沿袭到清朝。

　　“六部”中的每一部都很大，如工部，便掌管土木、水利工程、农、林、牧、渔等多个领域和行业。“六部”下面各设“四司”，故有“三省六部二十四司”一说。

　　可见，“三省六部”制明显优于“三公九卿”制，大唐盛世与政体的先进不无关系。

　　“九寺”官署在隋唐时期仍保留，只是统统降格降级，与“五监”、“秘书省”一样，是具体办事部门。此时的“九寺”与“六部”没有隶属关系，但得接受六部的督责，与六部有对应关系。

　　李世民（唐太宗）当皇帝时启动的“大部制”改革，机构精简最彻底。时由开国宰相房玄龄主持，整个中央机构官员编制仅为640员，只有隋朝的四分之一多一点。

　　李世民死后，政府机构编制迅速扩增。唐高宗显庆年间，九品以上内外文武官员已有13465名。武则天统治时期到唐中宗、唐睿宗时期，官员数额的膨胀更见严重，决策和行政效率下降。

　　李隆基（唐玄宗）当皇帝后，又启动一轮“大部制”改革，以解决冗官问题。为此专门编制一部政改大纲，这就是《唐六典》。仅开元二十三年（公元735年），便“停废诸司、监、署、府十余所，减冗散官三百余员”。

　　宋代“中书门下”“枢密院” 分掌全国政军大权

　　到了宋朝，中央行政机构仍沿袭隋唐时“三省六部”制，内部结构有很大变化，并增设了枢密院等新机构。

　　最大变化是“六部”不再属于尚书省，而成为真正独立的中央行政机关，但权力和作用下降和减小，职权转移。如兵部权力转给了枢密院，户部的财权则为“三司”分去。

　　历史上发挥重要作用的“三省”、“六部”、“九寺”等，在北宋都是虚位，实由“中书门下”与“枢密院”分掌全国政军大权，中书门下一把手“平章事”、枢密院负责人“枢密使”和三司的领导“三司使”，为北宋事实上宰相。

　　宋代是古代中国机构最臃肿、闲官、冗员最多的朝代，与魏晋一样，有虚、实两套班子。由于政府机构庞大，官多事废，名实不符，人浮于事，互相推诿。到宋仁宗嘉祐八年（公元1063年），距宋代建国仅百年时间，官员数量已“十倍于国初”。因为吃财政饭的官太多，国家财政有时还不够发工资。

　　于是，有了元丰年间的“大部制”改革。

　　此次“大部制”改革由当朝皇帝赵顼（宋神宗）主导。之前，在王安石进行的“经济体制改革”（“熙宁变法”）中，已涉及“政治体制改革”，但只是小打小闹。熙宁末年，赵顼令校勘《唐六典》，作政改理论上的准备。元丰五年（公元1082年），在大臣蔡确、王珪的协助下，正式启动“大部制”改革，史称“元丰改制”，撤销了“中书门下”这一机构，恢复了唐朝“三省”制度。

　　但是，赵顼生搬硬套《唐六典》，却又未完全走唐朝的政改路线，所以“元丰改制”实际上是失败的。类似的“大部制”改革，整个两宋时期进行过多轮，如宋徽宗政和年间、宋钦宗靖康年间、宋孝宗乾道年间，均先后进行了政改，希望借“改革”富国强兵，但因“改革”思路和设计有问题，始终未能奏效。

　　到了明清时期，也曾启动多轮“大部制”改革，其中以朱元璋（明太祖）的“大部制”改革最有影响。洪武十三年（公元1380年），朱元璋诛杀丞相胡惟庸，废除中书省，终结了自秦设立的丞相制度，创设“四辅官”，出现了“内阁”制。内阁制度为清朝继承，“党议天下之政”，成为清代朝廷权力中心。