如苏军过度重视惩戒制度，重视誓词，重视对军旗的保管和尊重，这些条令被引入后，中国军队基层非常不适应。1956年11月，总政送来基层党支部提供的材料，全军当年按纪律条令受到惩戒的达10万人次，被关禁闭者3万多人次；对9个连队进行的详细调查，受惩戒者90多人，惩戒错误或处罚不当的占71%，有的连队惩罚偏重率达100%，受罚原因有些令人喷饭，如打靶不及格、不愿看电影、胃口不适不愿喝辣子汤。因不堪忍受惩罚，全军士兵逃亡4000余人，自杀400余人。官兵矛盾激化，开枪开炮行凶事件55起。有一名士兵开动三七高射炮到处乱打，并说：教训你们这些官僚主义者。(《彭德怀军事参谋的回忆》)

　　所有制度中，双方争议较大，而中方最终坚持己见，未受苏联军事顾问太大影响的改革是“一长制”问题。军队政委制度创自列宁和托洛茨基。当时，苏维埃为应付大规模内战，将原沙皇军队的专业人员派到红军中工作，并另派党员进行监督，即政委的来历。

　　苏联在历史上也曾数次取消和恢复政委制，党政军高层中，要求取消政委制的观点最终占了上风，理由是大规模战争需要集中指挥权迅速决策，也为避免外行牵制内行，导致决策混乱，指挥失误。1942年，苏联第三次取消政委制，此后一直实行“一长制”。

　　苏联军事顾问认为党委制是一种低级领导形式，强烈要求中国军队推行“一长制”，苏军驻解放军副总顾问柯托夫向彭德怀详细讲解“一长制”的来历与沿革，并以二战中苏联的经验教训为例：战线宽，纵深大，众多集团军群、战术兵团参与，必须在瞬息万变的广阔战场上服从统一的一个指挥员的意志和决断，“战争无可辩驳地证明了‘一长制’是适合现代战争的优越制度”。

　　彭德怀、萧克、萧华等深受柯托夫影响，均认为“一长制”是方向，打算在1953年开始推行，并用十年时间完成过渡。但党内对此事争论日甚，有人提出说解放军普遍缺乏军政双全的军事人才，有人认为双首长制不影响现代化和正规化，同样能适应现代化战争，国内战争和朝鲜战争就是例证。

　　此后，彭德怀态度发生了转变，决定保留党委领导下的双首长分工负责制，毛泽东在审阅政治工作条例草案时，恢复了被删去的“中国共产党在中国人民解放军中的政治工作是我军生命线”的表述。这一条例1954年4月15日正式颁布，条例明确了团以下政工人员职责，但也因受到苏军影响，取消了基层的革命军人委员会。