图为走上抗日之路的红枪会，红枪会是当时会道门组织的一种。
1938年2月，根据129师首长的指示和应各界人民邀请，东纵进驻河北南宫并以南宫为中心，逐渐向四周发展，巩固和扩大冀南抗日根据地。根据毛泽东关于“战争的伟力之最深厚的根源，存在于民众之中”的思想，陈再道和李菁玉等到南宫后，首先恢复和发展党的各级组织，明确各级党组织开辟冀南抗日根据地的新任务，联系群众、宣传群众、发动群众、武装群众，很快建立了“战委会”和工、农、青、妇等抗日群众组织，同时大力发展抗日武装。当时，陈再道派出由程启光率领的一个连，活动于平汉铁路东侧的任县、隆平、尧山、柏乡一带，宣传和发动群众，组织抗日武装和群众团体，以维护和保持冀南与太行山的联系；另由孙继先率领一个连组成津浦支队，开赴冀鲁边之夏津、高唐等地，与冀鲁边沟通联系。由于广泛宣传中共抗日救国主张和严格执行三大纪律八项注意，冀南广大群众特别是青壮年积极参军，同时也改编一些地方游杂武装，使东纵兵力迅速壮大，抗日根据地日益发展和巩固。到1938年4月，东纵组建了第一团，骑兵连扩编为骑兵大队，并成立了五个军分区，协同地方党组织建立了二十几个县的抗日政权，地方武装也发展到1万多人。
由于冀南抗日形势的迅猛发展，急需大批干部。东纵一到南宫，陈再道便在该县苏村开办了有30多人参加的干部训练班，进驻南宫城后，又将训练班扩大成“抗日军政学校”，陈再道亲自兼任校长，指导各项工作，带头并组织东纵军政领导同志给学员讲课。学员有来自冀南各地的共产党员和同情共产党的进步青年，仿照军队学校编成，过军事生活。教学内容主要是讲中共的民族统一战线政策和抗日战争中的各项政策，及游击战争战略战术基本知识。军政学校在半年内举办了三期，每期一个多月，共培训基层干部600余人。学员毕业后，分配到党、政、军、群等组织中工作。这些干部在创建和坚持冀南抗日根据地斗争中，大都起了骨干作用。有不少同志后来还担任了重要领导职务。很多学员后来戏称，“我们是南宫系，校长是陈再道。”
在以南宫为中心发展抗日根据地的过程中，陈再道坚持对土匪及游杂武装，采取政治争取为主、分化瓦解和军事打击为辅的方针，区别对待。在中共政治宣传工作的感召下，有些游杂武装投向东纵，不再为非作歹，被收编改造为抗日武装。当时冀南最大的两股地方武装——段海州和赵云祥两部，各有四五千人。为团结和争取他们抗日，陈再道邀请段、赵二人进行当面会商，向他们宣传中共的团结抗日主张和各项方针政策。经过陈再道的争取教育，他们接受了中共提出的成立军政委员会统辖冀南各部队的建议，并推举陈再道为该委员会的主任，从而争取了赵云祥，收编了段海州部为“抗日青年纵队”。此外，还收编威县民团为“冀南抗日游击独立第二师”。
1938年3月，宋任穷来到冀南，接任东纵政委，和司令员陈再道成为搭档。二人合作伊始，就面对“六离会”的挑衅。
抗战初期，冀南地区的会道门纷纷成立，其中较大的是“六离会”，一度发展到8万多人，其总头子李耀庭自恃人多势众，暗地投靠日寇，与东纵为敌。1938年5月11日，“六离会”反动分子竟枪杀东纵津浦支队政委王育民等，抢走军用电台，并扣押东纵工作人员。在徐向前副师长的亲自组织指挥下，陈再道、宋任穷对“六离会”采取“武装宣传”，劝其释放东纵被俘人员、返还武器和电台。但是，李匪欺骗群众“吃符”、“念咒”，赤膊扛土枪、持大刀向东纵指战员砍杀。在忍无可忍的情况下，陈再道果断地抓捕和处决了李耀庭等人，宣布取缔“六离会”。这一事件对其他会道门产生了巨大影响，有的自动解散，有的主动与东纵合作抗日。到1938年6月，东纵3个团发展到7000人，还建立了8个支队和1个独立团，共2万余人。
1940年8月，陈再道出任冀南军区司令员，随即率部参加“百团大战”，并领导冀南军民粉碎敌人历次“扫荡”，“使冀南军区部队逐步锻炼成一支坚强的抗日武装”。
1943年10月，和日伪军处于相持阶段的冀南军区局势稳定下来，遂直属八路军总部指挥，陈再道暂时告别了部队和军区的同志们，进入延安中共中央党校学习。