宋代“中书门下”“枢密院” 分掌全国政军大权
到了宋朝，中央行政机构仍沿袭隋唐时“三省六部”制，内部结构有很大变化，并增设了枢密院等新机构。
最大变化是“六部”不再属于尚书省，而成为真正独立的中央行政机关，但权力和作用下降和减小，职权转移。如兵部权力转给了枢密院，户部的财权则为“三司”分去。
历史上发挥重要作用的“三省”、“六部”、“九寺”等，在北宋都是虚位，实由“中书门下”与“枢密院”分掌全国政军大权，中书门下一把手“平章事”、枢密院负责人“枢密使”和三司的领导“三司使”，为北宋事实上宰相。
宋代是古代中国机构最臃肿、闲官、冗员最多的朝代，与魏晋一样，有虚、实两套班子。由于政府机构庞大，官多事废，名实不符，人浮于事，互相推诿。到宋仁宗嘉祐八年（公元1063年），距宋代建国仅百年时间，官员数量已“十倍于国初”。因为吃财政饭的官太多，国家财政有时还不够发工资。
于是，有了元丰年间的“大部制”改革。
此次“大部制”改革由当朝皇帝赵顼（宋神宗）主导。之前，在王安石进行的“经济体制改革”（“熙宁变法”）中，已涉及“政治体制改革”，但只是小打小闹。熙宁末年，赵顼令校勘《唐六典》，作政改理论上的准备。元丰五年（公元1082年），在大臣蔡确、王珪的协助下，正式启动“大部制”改革，史称“元丰改制”，撤销了“中书门下”这一机构，恢复了唐朝“三省”制度。
但是，赵顼生搬硬套《唐六典》，却又未完全走唐朝的政改路线，所以“元丰改制”实际上是失败的。类似的“大部制”改革，整个两宋时期进行过多轮，如宋徽宗政和年间、宋钦宗靖康年间、宋孝宗乾道年间，均先后进行了政改，希望借“改革”富国强兵，但因“改革”思路和设计有问题，始终未能奏效。
到了明清时期，也曾启动多轮“大部制”改革，其中以朱元璋（明太祖）的“大部制”改革最有影响。洪武十三年（公元1380年），朱元璋诛杀丞相胡惟庸，废除中书省，终结了自秦设立的丞相制度，创设“四辅官”，出现了“内阁”制。内阁制度为清朝继承，“党议天下之政”，成为清代朝廷权力中心。