毛泽东亲自撰写以国防部长彭德怀名义发表的3个文告，揭露了美国的侵略行径和阴谋，划清了中美两国之间与国共两党之间的界限，在台、澎、金、马军民中引起强烈的反响，加深了美蒋之间的矛盾。通过有条件暂停炮击和无条件隔日炮击的行动，抵制了美国胁迫台湾当局从金、马撤兵，隔离台湾，制造“两个中国”的图谋。持续两个多月的紧张局势，也开始松弛下来。
金门炮战中蒋介石反对把金门、马祖与台湾岛割裂开来，坚持“一个中国”的立场，在很大程度上与毛泽东达到了“共鸣”，并受到了毛泽东的赞许。1959年2月初，毛泽东在一次对省市委书记的讲话中谈到了国共两党秘密接触的情况。他说：“台湾是蒋介石当‘总统’好？还是胡适好？还是陈诚好？还是蒋介石好。但是国际活动场合，有他我们就不去，至于当‘总统’，还是他好。”“让他（按：蒋介石）去搞特务，搞三民主义，历史上凡是不应当否定的，都要作恰当的估计，不能否定一切，否定一切的结果，都毁了自己。”2月27日，毛泽东在会见外宾时说：“现在我们又讲跟蒋介石合作，他（按：蒋介石）说不干，我们说要。合作共同反美，他不敢，我们说有一天美国要整他，总会有一天美国要承认我们的，丢掉他。蒋介石懂得这一点。我们搞第三次合作，他通过秘密的间接的方法跟我们联系，公开不敢，怕美国，而我们不怕。”毛泽东还说，我们同台湾，谁也离不开谁，就像《长恨歌》中所说的：“在天愿作比翼鸟，在地愿为连理枝。”蒋介石把枝连着美国，而美国却连根都要挖掉。9月15日，毛泽东在民主党派负责人座谈会上说：“蒋介石不做‘总统’，这个我们也不赞成的。……是蒋介石做‘总统’好，还是别人做‘总统’比较好？在目前看，还是蒋介石比较好。”
为了实现提出的“举行和平谈判”，毛泽东在炮击金门的同时采取了另一个行动，请与国共两党高层均有私交的章士钊担负起两岸沟通的责任。在金门炮战硝烟未散尽时，毛泽东嘱托章士钊给蒋介石写信，把中共“联蒋抵美”的方针告诉他。章士钊欣然答应。国学功底极好的章士钊在信中说：“溪口花草无恙，奉化庐墓依然”；“台湾金马，唇齿相依，遥望南天，希诸珍重。”毛泽东对这几句尤为欣赏，并亲自将“南天”改为“南云”。
1958、1960年，章士钊两次赴港，向台湾当局转达信息。临行之前，毛泽东、周恩来与他进行了谈话，提出了两岸暂不举行正式谈判，但可先做有限接触，如互访、通邮、通航、通商的建议。章士钊到港后，引起了海外媒体的种种猜测，称章士钊是中共的“和谈专使”，拟通过私人关系向台湾高层转达中共和谈条件。但是台湾当局对章士钊此行没有作出任何积极反映。另外，受蒋介石派遣来大陆的宋宜山回到香港后，蒋介石并没让他回台湾当面汇报，而是让他先写一份书面报告。由于宋宜山的报告对共产党和大陆的成就赞扬过多，蒋介石看后大为不悦，认为宋宜山被“赤化”了，而中止了国共间进一步的接触。