1952年4月6日，毛泽东在《中央关于西藏工作的指示》中说：“我王震部入疆，尚且首先用全力注意精打细算，自力更生，生产自给。现在他们已站稳脚跟，取得少数民族热烈拥护。目前正进行减租减息，今冬进行土改，群众将更拥护我们。”到1952年4月初为止，党中央和毛泽东对王震在新疆的工作是肯定的。王震和新疆分局的问题主要在发生在1952年5月。新疆分局的问题，主要是牧区工作中的错误，并提出一些与西北局、中共中央不同的意见。新疆分局5月22日、25日给中央的两次电报是符合组织原则的，即使提出的意见不正确也不能算错误。5月26日指示是违背组织原则的。当中央指出其错误后，新疆分局立即予以纠正。
但是在新疆省第二届党代会上，不少人在发言中实际上全盘否定了新疆的工作成绩，还有人在会外各种场合对新疆的工作进行过分的指责。有人竟就两年多工农业建设中的重大成绩非难王震说：“你们在这里开荒，在那里建厂，人家民族的人民怎么看，这还不是殖民地?把我们民族当做你们汉人的殖民地!”对于进疆部队节衣缩食、艰苦卓绝的创业精神，有人不但不予鼓励，反而严厉指责：我考察了，你们讲这个好那个好，可是现在人民解放军部队不像部队，军官不像军官、战士不像战士，衣服都没得换洗，衬衫都不够穿。甚至完全否定了剿灭鸟斯满匪帮这样重大的成绩，竟说应该用金钱收买政策，而不应该武装消灭：“你们花这么大力气才把乌斯满消灭掉，在甘肃也有土匪，我们花了两百个亿(按：指旧币，是现在的200万)，就把他们收买过来了。”好像根本忘记了：这些罪大恶极的反革命分子，你收买过来，他觉得对他有利了，就跟着你；一旦要求满足不了，他就又背叛了。……
应该说，新疆省第二次党代会对牧区确定的方针和政策是完全正确的。会议提出在新疆工作中应充分注意民族特点，如确立民族团结、坚持慎重稳进的方针，对新疆各项事业的发展是有积极意义的。但是这次会议的主要问题是违背了中共中央和毛泽东主席对新疆工作“成绩是主要的、错误是次要的但是严重的”这一正确评价，对王震的处理有失公正，挫伤了干部的积极性，给以后一段时间的工作带来了消极影响。
随后，财经工作检查团到新疆检查工作。检查团几乎是全盘否定了新疆的财经工作。有人竟把军队在荒无人烟的戈壁上屯垦、节衣缩食兴办工厂，说成是军队抢了少数民族的土地、资源。
1952年10月23日，中共中央关于整顿新疆财经工作的指示中，提出“对部队和地方举办的各项工矿、交通和水利工程进行检查和整顿”，其原则是：“办得完全对的继续办好，该缩减的妥善缩减，该缓办的缓办，该停办的停办，必须按照基本建设程序办。”
中央的这一指示的原则是正确的，但在具体执行“办、停、缓”的整顿方针过程中，出现了这样一种情况：似乎是停得愈多愈好，缓得愈多愈好，办得愈少愈好，甚至都办不成也无所谓。结果不该停的，停了；不该缓的，缓了；该办的，不敢办或不敢大办了。一场轰轰烈烈的经济建设高潮，顿时被一阵风暴吹散了。经过这一曲折，新疆的工作受到很大损失。
王震承担责任检查错误
在中共新疆省第二届代表会议以后，王震原有职务全被撤销了，实际上只剩下一个“军区副司令员(代理司令员)”的名义。从此，王震虽基本上不再管地方工作，但仍关注着军队生产。1952年11月27日，王震在新疆军区党委扩大会上发言，专门总结了部队的农牧业生产工作。总结包括坚决执行党中央关于整顿新疆财经工作、军队整编转业、建立国营农场、关于分红和清算家务几个方面以及1953年大型水利工程概算、转业部队房屋建筑。关于整顿财经工作，王震要求实事求是地进行，“在整顿中巩固成绩，克服缺点错误”，按照中央指示把“办得完全对的继续办好，该缩减的妥善缩减，该缓办的缓办，该停办的停办，必须按照基本建设程序办事”。他在发言中满怀信心地指出，新疆军区全体指战员在党的领导下，3年中在巩固国防、巩固地方治安、参加地方工作、参加生产等各项任务方面是有成绩的，全体指战员的忘我劳动是有功于人民的。“至于军区领导工作上的错误、工作中的缺点，经过检查揭发和批评纠正，就不但可以巩固成绩，而且可以健康地发展，取得新的成绩。”
王震对这次新疆分局在牧区改革工作上犯的错误，主动承担责任，进行了检讨，接到中共中央批评新疆分局5月26日所发《关于新疆牧区镇压反革命的指示》的电报，当天便由分局通知各级党委立即停止执行这个《指示》。6月18日、27日，王震还从北京两次打电报给新疆分局，务须立即停止执行这个《指示》。王震严肃指出，他提出的牧区改革问题，是严重的政治错误与违犯纪律的错误。之后，王震在新疆省第二次党代会上就此事作了检查。11月27日，他在新疆军区党委扩大会议上的发言中，也检查了这个错误。
但是，新疆省第二次党代会议违背了中央对新疆工作成绩是主要的、错误是次要的评价，全面否定新疆分局工作的批评，种种不符合实际的指责，无疑难以使他心服。尤其对那些全面否定新疆财政工作，将两年多艰苦创业，在农、工、商业上取得的光辉成就当做“罪状”的指责，特别反感，十分痛心。这不仅仅是对他个人的评价极不公正，而且是对新疆军民3年艰苦奋斗中取得的成绩的抹煞。当毛泽东听到某些完全否定王震的发言时曾插话说：“照你们这样一讲，王震岂不是新疆一霸吗?”在传达时，竟被说成“毛主席说，王震是新疆一霸”。毛泽东说，对王震的批评只传达到党内县团一级，结果不但党内超出县团级的范围，党外也传达了。这样一来，大大伤害了干部的积极性，也使王震寝食不安。王震说：“在北京时只说调动我的工作，以后宣布我是撤职。为此我很有意见。我说，我在哪里跌倒就在哪里站起来。我想把新疆建设继续抓下去。我要求不要调出来。因为撤了分局书记的职务，我还是财委(副)主任。以后，张宗逊搞财政检查，点起火来了。我同张宗逊吵起来了。……”
广大干部和群众对王震受到错误的批判感到忿忿不平。水利专家王鹤亭前去看望王震的时候说：“我不认为司令员有什么错误。”第二次党代会后，许多王震亲自主持兴建的工程，都被说成“建设不当”而骤然停建，使他非常愤慨。新疆屯垦部队的播种面积由1952年的160万亩下降到1953年的93万亩，再降到1954年的87万亩，直到1956年才恢复到1952年的播种面积。一大批工厂中途停建，使国家受到巨大的经济损失。例如，原定日产250吨的水泥厂，建厂投资1670万元，原计划1953年投入生产。因为中途停建，据不完全的统计，从1952年到1956年的几年间，从苏联进口水泥55376吨，加上关内调进的共达64376吨，外汇支出了825万卢布，全部支出则为2704万元，足够建一个半工厂了。其他如七一纺织厂、十月汽车修配厂、乌拉?自水电站等工程的停建，也都造成巨大的经济损失。
迪化(今乌鲁木齐)至库尔勒的迪库公路是一条贯通南北疆的公路，由王震主持开工不久即被停建，许多路段才刚建成基本框架。由于王震被批判，这条公路停建，迪库间的运输绕道每趟多跑170公里，每年浪费巨额运费，而且影响重要物资的运送交流。这让王震十分生气，异常难过。有一天，王震和夫人王季青带领3个儿子从迪化沿着尚未建成的公路南行察看，汽车爬过崎岖不平的山道，在颠簸中缓慢地前进。当晚，他们在群山环抱中的路边一间小木房里过夜。王震让人买来一只羊，煮手抓羊肉，与原在那里领导修建公路的部队工程团团长尹保仁和两名战士、两位维族老人共进晚餐。面对突遭扼杀的工程场地，王震悲愤难平，其他人也很难过。席间，大家都默默无语，气氛苍凉。经过旷日持久的争论，到1954年，迪库公路才被列进第一个五年计划的项目。至于这场风波在政治上所造成的严重损失，对于全省各级许多干部所造成的伤害，在职工思想上造成的混乱，则是无法以数字来估量的。