德国顾问奥托·布劳恩：毛和朱互相指责
1928年5月20日，井冈山的共产党领导人在茅坪召开会议，作出了含有下一年毛主义政策路线的所有本质特征的政治问题、政治纪律、暴动口号、政纲等决议。在军事策略上，其中就包括了着名的十六字诀：
敌进我退，敌驻我扰，敌疲我打，敌退我追。
还包括着名的“三大纪律”和“八项注意”，以加强共产党军队的管理，争取人民的信任和支持。三大纪律是：（1）一切行动听指挥；（2）不拿群众一针一线；（3）一切缴获要归公。几个月后制定了前六项注意：（1）上门板；（2）捆铺草；（3）说话和气；（4）买卖公平；（5）借东西要还；（6）损坏东西要赔。一年左右又增加了后两项：（7）洗澡避女人；（8）不搜俘虏腰包。
红军在井冈山建立了士兵苏维埃，这较以前通过政治委员进行工作，更具有民主性和教育性。“政治部存在时”，毛评论道，“战士们都以为政治工作仅仅是政治部中少数几个人的事。其他人的任务只是打仗。政治部取消后，战斗员和政工人员一起做政治工作，这样就打破了先前的单纯军事观点。”
茅坪会议决定，井冈山地区应作为巩固的革命根据地，渐次向周围地区推广扩大。无偿地没收土地分配给农民，并武装和组织农民起来保卫分得的土地。但是，对小地主和富农采取了较为温和的政策。这些决议的制定，是基于毛在茅坪对他的同伴们所讲述的五个因素。首先，他告诉他们，中国是一个半殖民地国家，政治发展不平衡，产业工人很少，而农民很多。第二，对于革命来说，中国是一个有丰富人力、资源的大国。第三，然而反革命力量还很强大，国民党政府通过与帝国主义势力相勾结控制着中国。第四，革命力量还很弱小，红军仅控制少数贫穷落后地区。第五，农民只要有机会，就会随时参加革命，重新分配土地。
所有这些主张都为朱德和其他人所通过，尽管他们很清楚，毛在党的正式领导层中的地位并不稳固。
可是，当夏天毛的上级共产党领导设法将毛调离井冈山时，这些惬意的计划就被推翻了。他们先是命令他率大部分部队去湘南，仅留一支小部队守卫井冈山根据地。毛的同志们决定拒不服从这个脱离实际的命令，可有一个团在与党的特派员之一直接谈话后，确信了有这样的命令。前往湘南，朱将军决定最好还是多派些部队去增援。党的特派员持有在毛的区域内按他的意见行事的文件，因而，差不多整个夏天，毛被迫靠边站了，在此期间，他的军队在错误策略的指挥下，损失了一半。
据共产国际的德国顾问奥托·布劳恩讲，毛对他的新伙伴朱德将军消极地接受那招致军事大失败的极端命令，感到很恼火，责怪他“理论上无知”和“机会主义倾向”，而朱将军则转而批评毛当时深居井冈山，以井冈山为轴心“陀螺似的向外扩展”的军事策略。
据布劳恩讲，1929年两人再次会合以后，毛一步一步地削弱朱作为军队领导人的威信，并争取一些朱的高级僚属站到他这一边，其中包括朱的政治委员陈毅，以及当时还只是营长的林彪。朱在表面上听任了这种权威的丧失，形式上他还是总司令。布劳恩所讲的这些，其必然结果就是把军队置于政治控制之下，而这个原则是毛、朱都赞同的。可是，后来林彪却声称朱将军对这一思想的支持，并不像一些描写中所讲的那样是一个坚实的栋梁。他有突出的军事素质，但缺乏政治判断力，当冲突的命令来自不同的政治司令部时，往往发生动摇。他的忠诚主要是依靠有毛和他在一起。
毛和朱恢复丧失的大部分区域
在领导空缺期间，出现了一个意想不到的结果。许多在井冈山最近吸收的共产党员成了叛徒，当败退的红军返回以后，9月毛再次接任，并开始在地方党组织中进行大清洗，重新登记党员。为此目的，他还创建了新的保卫机构，使毛能够统辖较以前更忠诚、更守纪律的组织。
在几个星期内，毛和朱就恢复了年内丧失的大部分区域，他们的根据地也再次能够生存下去了。为此，毛作了一首题为《井冈山》的格律诗，以志庆贺。
山下旌旗在望，
山头鼓角相闻。
敌军围困万千重，
我自岿然不动。
早已森严壁垒，
更加众志成城。
黄洋界上炮声隆，
报道敌军宵遁。
10月，毛在一篇题为《中国的红色政权为什么能够存在？》的文章中，分析了井冈山根据地的特点，他夸耀地说：“一国之内，在四周白色政权的包围中，有一小块或若干小块红色政权的区域长期地存在，这是世界各国从来没有的事。”