靠王权起家因暴力被清剿
穆兄会成立于1928年3月，创始人哈桑·班纳是师范学院学生，他在学生时代就希望用伊斯兰教理念将埃及从殖民统治中解放出来，他用五年时间通过向中下层民众演讲招募了最初的信徒——6名文化不高的工人。这些工人对班纳说，“我们一无所有，只有一腔热血，我们现在唯一想做的，就是把一切交给你”。
穆兄会成立后，在班纳的努力下，支部数量不断增加，逐渐发展成全国性组织。
从创立开始，穆兄会就一直没有走出利用中下层民众进行街头革命的抗争方式，他们依附政权又反抗政权，在王政时代如此，在纳赛尔时代依旧如此，直到今天穆兄会也没放弃这种方式。
在国王法鲁克时期，穆兄会以“真主支持国王”的口号赢得王权庇护，迅速发展壮大。他们利用反殖民主义的民族感情笼络一大批埃及民众，甚至拥有自己的武装。穆兄会还通过支持巴勒斯坦将势力扩大到其他阿拉伯国家，成为跨国组织。
然而，穆兄会不甘心只是依附于王权，他们希望在政治上真正有所作为。1945年，埃及举行该国历史上首次议会选举，穆兄会踌躇满志，却铩羽而归。对结果不满的他们煽动狂热分子制造暴力，杀害其他党派成员，还囤积武器。王室和政府发现穆兄会已成为破坏政权稳定的炸弹，他们开始对穆兄会下手。
穆兄会对此毫无察觉，1948年12月，穆兄会历史上首次被政府取缔，大多数领导成员均在总部大楼里被捕。哈桑·班纳此时才意识到回天乏术，政府继续将他玩弄于股掌中，哄骗他发表忏悔自白，彻底击溃了他在穆兄会的威信。被视为叛徒、已无利用价值的哈桑·班纳在两个月后被暗杀。
重蹈覆辙遭纳赛尔清洗
经历惨痛打击的穆兄会并未吸取教训，反而在相同的错误上又一次跌倒，这一次他们败在了埃及国父纳赛尔的脚下。
由于宗教的影响力和其广大的群众基础，穆兄会并未因被取缔而消失，他们渐渐活了过来。1952年7月，在穆兄会支持下，纳赛尔领导的自由军官组织发动政变，推翻法鲁克国王。自恃为老大哥的穆兄会希望建立政教合一的国家，正是这一点造成了军方和穆兄会直到今天仍然无法解开的仇恨。
上世纪50年代，以纳赛尔为代表的少壮派军官崇尚用阿拉伯民族主义重塑国家认同感，建立世俗的现代化国家。在纳赛尔看来，政教合一的伊斯兰国家已经不能让埃及找回昔日的光荣与梦想，宗教主义者应该走下历史的舞台，只有军人精英才能使埃及重振雄风。
纳赛尔高举阿拉伯民族主义的大旗向穆兄会发起反攻，大规模的宣传攻势让埃及人民被纳赛尔的魅力和主义所倾倒，埃及人民仿佛在纳赛尔身上看到了古埃及的荣耀。随着纳赛尔个人威望的提高，穆兄会影响力被削弱，内部极端势力再次抬头，他们与纳赛尔政权决裂，并将之视作死敌，两者的矛盾在纳赛尔险些遭刺事件中达到顶峰。
1954年10月26日，纳赛尔在亚历山大曼西广场发表演说。突然，穆兄会极端分子向纳赛尔连开8枪，幸运的纳赛尔毫发无伤。面不改色的他用慷慨激昂的演讲彻底击溃穆兄会，他说，“同胞们，自由军官战友们，我纳赛尔以一腔热血献给你们，即使他们杀了我，我仍在你们心中留下荣耀。”
穆兄会在年初遭到取缔，这次刺杀又给穆兄会带来致命一击，当纳赛尔返回开罗时受到了民众如潮的欢呼，他的支持者则走向街头宣泄对穆兄会的不满，他们一边高喊着“去死吧！魔鬼穆兄会！”一边点燃了穆兄会总部。
不久，大量穆兄会骨干被逮捕，近1000名穆兄会领导人员被判刑，其中50多人被判死刑，未经审判就被关押的穆兄会成员不计其数。
1966年，因穆兄会策划暗杀，纳赛尔再次大规模镇压穆兄会，1.8万人被捕，365人受审。穆兄会又一次成为了过街老鼠，在纳赛尔的领导下，军方政权的威望达到巅峰，穆兄会在50多年后才重新回归埃及政治中心。
