1913年1月23日，袁世凯论功行赏，颁发给熊秉坤勋五位证书及徽章，并且在亲笔书写的授勋证书中“推崇”道：“盖闻时逢逐鹿，难每发于一夫，势等连鸡，功莫先于首义。”同年3月20日，国民党代理理事长宋教仁在上海被应夔丞、洪述祖、武士英、吴乃文、陈玉生等人所暗杀，国民党方面一致认定中央政府方面的袁世凯、赵秉钧是幕后主凶。在上海方面的孙中山、黄兴等人的遥控指挥下，因为被剥夺军权而脱离共进会加入国民党的熊秉坤，与田桐、蒋翊武、季雨霖、詹大悲、蔡济民、杨王鹏、王文锦、王华国、钟仲衡、温楚珩、章裕昆等人一起，在国民党武汉交通部的基础上秘密组织“改进湖北军政，继续革命事业”的“改进团”，积极筹备6月25日的武装暴动。因为暴动失败而遭受通缉的熊秉坤等人，只好辗转逃亡日本东京，加入孙中山重新组织的中华革命党。与熊秉坤一起发动武昌首义的共进会会员孙武、金兆龙、程正瀛等人，由于没有加入国民党以及中华革命党，从而成为拥护副总统兼湖北都督黎元洪的敌对阵营的成员。1916年，程正瀛在党派之争中，被贾正魁等人秘密处死后沉入长江。金兆龙也在国民党北伐胜利后远离政治以至于抑郁而死。
1961年辛亥革命50周年之际，台湾方面曾经两度担任孙中山秘书的岑伟生，在《回忆辛亥革命二三事》中介绍说，1913年“二次革命”失败后，他与熊秉坤住在东京九段坂下辰实馆的同一房间里达四个月之久。两个人穷困潦倒，一支香烟要截成两半各吸半支。当谈到武昌首义的开枪问题时，“熊君谓听闻外面嘈吼有枪声，就即开枪，亦顾不得谁是第一枪。谈话间从未有第一枪自认。斯时亡命日本之革命人鄂省军籍颇多，亦都认为熊君起义趁先开枪，不一定是首先放第一枪，……”孙中山当时并不重视熊秉坤，反而是已经与孙中山决裂的黄兴，考虑到熊秉坤是首义军人，专门送来50日元生活费，熊秉坤为此“喜形于色”。直到湖北同乡田桐介绍熊秉坤、岑伟生同去孙中山寓所填写中华革命党誓约之后，“尚不能直接见孙先生，及至1916年广东成立大元帅府，仍是待熊冷淡”。等到孙中山从广东来到上海，在《孙文学说建国方略之一》中公开声明打响武昌起义第一枪的，是自己的党员熊秉坤之后，熊秉坤才开始“坦然自承而不避”。究其原因，是孙中山与黄兴分裂之后，“有人指责武昌起义不是孙先生所策动，甚至说孙先生播越海外，根本未过问湖北省。孙先生为杜悠悠之口，而以熊君填了中华革命党誓约，依附在身边，所以作革命自叙就认定熊君于武昌首义开第一枪，他人遂莫敢訾议，只有背后奚落。”
据贺觉非编著《辛亥武昌首义人物传》介绍，熊秉坤面对当年的历史当事人及知情人的据实质疑，曾经有过“我不是为自己争，而是为孙先生争！”的自我辩护。但是，基于现代社会所普遍遵守的以人为本、自我健全、意思自治、契约平等、民主参与、宪政共和、大同博爱的文明价值观返观历史，像熊秉坤这样不顾历史事实而张冠李戴，无论出于多么善良美好的主观愿望，都不能算是实事求是的正当表现。
