最终，第一批知识分子于9月23日乘坐开往里加和柏林的火车离开了苏俄境内。9月29日和11月16日，来自莫斯科、喀山和彼得格勒的学者及其家属约100多人分两批由彼得格勒乘坐从德国租来的“哈肯船长号”和“普鲁士号”轮船离开了苏俄。由于离境的很多知识分子是著名的哲学社会科学大家，所以历史上又将此次事件称为“哲学船事件”或“列宁船事件”。
也许是因为当时苏俄经济状况比较差，也许是出于对拒绝跟苏维埃政权合作的知识分子的嫌恶，一部分被驱逐出境的知识分子及其家属是自费出境的，公开的档案材料证实了这一点。俄罗斯联邦安全委员会中央档案馆公布的一份档案材料中，就列举了从莫斯科到柏林途中的具体花销费用：“1.从莫斯科驱逐一个人至柏林，必须支付：（1）签证——4900万卢布；（2）两昼夜路程食品——800万卢布；（3）从莫斯科至谢别日火车票——（档案原件这里没有标注金额——笔者注）……”而另一份书面报告显示，截至9月7日，莫斯科一地已经逮捕并应当驱逐出境的有75人，其中有57人自费出境。
被驱逐出境的人员，一般都经过国家政治保安局的审查且都被下了结论，认定这些人积极从事了反苏活动。比如，1922年8月19日给著名哲学家别尔嘉耶夫所作的定性结论是：“自十月革命以来的5年时间里，他不仅一直对苏俄工农政权不满，没有停止过自己的反苏活动，而且利用目前俄罗斯苏维埃社会主义联邦共和国的外交困境，加紧反革命活动……”可根据前一天对别尔嘉耶夫进行的审讯的材料看，又看不出他究竟从事过哪些“反革命活动”和“反苏活动”。别尔嘉耶夫只是在受审时坦诚地表示“不能赞成阶级观点”，并且“一视同仁地认为，不论是贵族的意识形态，还是农民的意识形态、无产阶级的意识形态、资产阶级的意识形态，都是狭隘、局限而自私的”，“俄国没有什么无产阶级的国家，因为俄国人民的大多数是农民”，而且“认为对社会革命党人的严厉判决是错误的”，表示“不赞同苏维埃政权对高等学校采取的政策，因为它破坏了学术和教学的自由，压制了先前的哲学自由”，“我以前从不属于任何政党，今后也将不属于任何政党。在现有的政党中，没有一个能引起我的同情”。这些言论表明，别尔嘉耶夫充其量不过是一个崇尚独立人格和自由精神的知识分子而已，远谈不上什么“加紧反革命活动”。然而，他还是被驱逐出境了。有类似遭遇的知识分子大有人在。
驱逐行动的危害性后果
大规模驱逐知识精英的行动，不仅给被驱逐人员及其家属造成了多年挥之不去的严重心理伤害，而且给严重缺乏专家和亟需人才的苏俄国家建设造成了重大损失。此外，由于政策失误导致了真正反苏情绪的淤积，即便是驱逐行动的具体实施者——原先的全俄肃反委员会主席、后来的国家政治保安局主席捷尔任斯基，在一封致下属的信中也清楚地意识到了这一点：“宁肯在自由主义方面犯错100次，也比放逐那些并没有积极反苏的知识分子要好——当他们从流放地回来后，或许就会成为反苏积极分子，他们对苏维埃政权的指责将会被敌人用来攻击我们。”真正离苏反苏情绪的不断淤积，实际上也为多年后苏联政权的垮台不断地埋下了一个又一个地雷。国内有些学者常常将1991年苏联解体归结于戈尔巴乔夫的改革措施失当，或者归结于1956年赫鲁晓夫所作的反对斯大林个人崇拜的秘密报告“捅了漏子”，实际上如此总结苏联解体的原因是欠全面、不深刻的。世界上任何一个政权都不可能没有政策失误，只有善于发现并及时纠正失误，才可避免最终的败局，而苏联政权的垮台，正是在于自其诞生的那一天起，太多的政策失误未能得到及时的发现和纠正。知识分子长期受压制，得不到信任，就是其严重失误之一。
