虽然是迫不得已，但起初也未尝不雄心勃勃。在《独立评论》时期，翁文灏就自信将政治看清楚了。政治是什么？“政者正也，其最重要的目的只在有法子使好的、有能力的人能够上去当政，不行的或不相宜的能够和平的下来。”熟悉二十年代《努力周报》的人们都知道，翁文灏的政治观显然是二十年代丁文江、胡适一辈鼓吹的“好政府主义”的流风余韵。当初受此鼓舞而产生的王宠惠领衔的“好人内阁”，虽然昙花一现，流为历史笑柄，却没有惊醒多少自由知识分子“好人政治”的乌托邦美梦。尤其是科学家出身的丁文江，一直对此笃信不疑。翁文灏是否受丁的影响，我们无从知晓，但这两个地质学家对政治的确都有一种幼稚的、一厢情愿的幻想，以为政治只是一个好人当政的问题。翁文灏以如此的道德理想主义精神起步政坛，既有一种自我牺牲的道德满足感，同时也不乏科学家的自信。传统的“好人政治”到了现代，虽然内中的灵魂未变(仍然以“好人”为核心)，但“好人”的内涵毕竟有所演变。“好人”不仅要有儒家式的道德修养，而且也要具备现代的科学知识和管理能力。而后者，正是丁文江、翁文灏他们这些科技专家所赖以自豪的。大凡科学家从政，都容易将政治简单化、技术化，以为只要按照一套科学的方法管理政治，就可以药到病除，马到成功了。
那么，好人当政的结果又是如何？蒋介石主政的整个三、四十年代，至少为“好人政治”提供了两次实验的机会：1935年的“人才内阁”和1948年的“行宪内阁”。每当濒临危机时，蒋介石总是选择翁文灏这样的公认的才俊组阁，以期挽狂澜于未倒。在这两次实验中，翁文灏都是不可缺少的要角。1935年他出任行政院秘书长，而十三年以后又进一步由他出面组阁，连司徒雷登也为此欢欣鼓舞，以为将开出“行宪”后的“新气象”。可惜的是，翁内阁仅仅存在了六个月零二天就呜乎哀哉。从表面来看，翁文灏是被那个自以为是的王云五所误(这个商务老总以为推广金元券就像推广他的四角号码词典一样简单)，实际上，国民党腐败到那个份上，即使市制改革成功，也最终难免一败。政治体制不变革，纵然有一打翁文灏这样的好人当官，又何尝能补大局于万一？
翁文灏的悲剧几乎是宿命的。“生于末世运偏消”的他，仅仅凭借其出色的行政能力和道德感召，是无法扭转一个专制体制必然厄运的。这样一个体制，总是扼杀具有宏大眼光和变革意识的真正的政治家，只会将本来更适于坐在处长位置上的行政官吏，错置于部长甚至更负责的高位。在这种体制中，阴差阳错的翁文灏与其说是幸运儿，倒毋宁说是牺牲品，一个为腐败体制陪葬的牺牲品。
尽管翁文灏是不懂政治又误入仕途的一介书生，但他毕竟是一个“极明察”之人。到1948年底，当他看清了这个政权的症结所在，便决意与跟随多年的“恩主”分手。在蒋介石的另一宠臣陈布雷服药自杀，为蒋殉葬的时候，翁文灏却不顾蒋的再三挽留，辞去了行政院长的职务。翁文灏与陈布雷在经历上有不少相似之处。他们差不多是同龄之人，且都是蒋所信任的宁波人，两人皆书生本色，都是一再推辞而不得，捱到1934年，才前后到蒋的身边就职。同样的士报知遇之恩，同样的士为知己者而死，同样的到1948年底看清大势，顿悟人生。相比之下，陈布雷的传统文人气太重，竟然弃世而去，临死前的遗言中还对蒋战战兢兢、忠诚不贰。而翁文灏，毕竟在欧洲接受了四年西洋的教育，作为中国第一代现代知识分子，虽然身上还残留着传统士大夫的心态习性，但整个人格较之陈布雷已经独立了许多。同为救国心切，陈布雷无法将国家与蒋氏王朝区别开来，翁文灏却能在最后一刻发现两者之间的疏离，并决然弃蒋而去，投入和平的阵营。在纠正错误这一点上，翁文灏倒表现出了科学家的潇洒本色。
1950年初，翁文灏在英国拜访李约瑟爵士，目睹昔日老友著作等身，学业鼎盛，不由得触景生情，黯然伤神。一个科学家，一个传统意义上的“好人”，为国家利益驱使，不惜牺牲自己的专业，弃学从政，官至一品。但最后留在历史上的，竟是一纸辛酸。如此结局，又如何不让人悲哀！
在现代中国，像翁文灏这样既有传统功名(早年曾经中取秀才)，又有洋博士头衔的知识分子，是少而又少的。半中半西，本是“五四”知识分子的时代印记，翁文灏的所有悲剧似乎都可以在他的知识背景中找到某种解释。如果有幸遇上一个太平盛世，一个开明体制，也许还不至于牺牲得如此廉价。然而，种种错位，种种短拙，竟然巧合在一起！翁文灏，究意是你负时代呢，还是时代负你？
